Kiểm soát AIS bao gồm các dạng kiểm soát: kiểm soát ngăn ngừa, kiểm soát phát hiện và kiểm soát sửa sai.
Kiểm soát ngăn ngừa nhằm để phòng sai sót và gian lận. Sai sót có thể là do không cẩn thận hay có thể do thiếu kiến thức. Sai sót đa phần là không cố ý. Có hai dạng gian lận thường thấy là gian lận quản lý và tham ô, biển thủ tài sản công ty. Gian lận quản lý là người quản lý cấp cao lạm dụng quyền hành chỉ đạo sai lệch thông tin tài chính như báo cáo doanh thu hoặc báo cáo lợi nhuận cao hơn thực tế nhằm hưởng thêm tiền thưởng cho cá nhân hay làm gia tăng ảo giá trị cổ phiếu mà họ đang nắm giữ. Tham ô, biển thủ là tài sản của doanh nghiệp bị lấy một cách bất hợp pháp vì mục đích cá nhân. Tham ô, biển thủ thường sẽ che đậy bằng cách làm sai lệch các số liệu kế toán.
Kiểm soát phát hiện: là kiểm soát tìm ra các sai sót và gian lận đã xảy ra hoặc đã được thực hiện. Thủ tục đối chiếu các sổ chi tiết và sổ cái giữa các bộ phận kế toán chi tiết và bộ phận kế toán tổng hợp; đối chiếu các sổ chi tiết, sổ nhật ký với sổ phụ ngân hàng; đối chiếu các sổ chi tiết hàng tồn kho với thẻ kho của thủ kho, các hoạt động kiểm kê... là các ví dụ về kiểm soát phát hiện.
Kiểm soát sửa sai: là kiểm soát các sai sót và gian lận đã phát hiện nhằm sửa chữa, giới hạn các ảnh hưởng sai lệch của các gian lận và sai sót này đối với mức độ chính xác và đáng tin cậy của thông tin kế toán.
Trong doanh nghiệp, kiểm soát AIS còn qua việc phân chia trách nhiệm tuân thủ theo các nguyên tắc như: người ghi chép sổ sách không kiêm nhiệm việc giữ tài sản; người ghi sổ chi tiết phải khác với người ghi sổ tổng hợp. Sự phân chia trách nhiệm cũng tuân theo nguyên tắc không để một người xử lý toàn bộ một chu trình nghiệp vụ. Bên cạnh đó, các thủ tục kiểm soát được thực hiện trên cơ sở: việc lập xét duyệt, lưu chuyển, lưu trữ chứng từ, báo cáo kế
toán, ghi chép, bảo quản, kiểm tra sổ, thẻ... và qua kiểm kê tiền, hàng tồn kho, tài sản cố định...