Năm 2013 là năm đặc thù đối với cả 2 tổ chức PVFC & WTB khi hai đơn vị tiến hành các thủ tục hợp nhất để trở thành một NHTMCP mới. Vì vậy trong giai đoạn đầu hợp nhất, nhằm tuân thủ đúng các quy định của pháp luật hiện hành về tổ chức và hoạt động của NHTM cũng như phù hợp với chiến lược kinh doanh của Ngân hàng, PVcomBank xây dựng mô hình quản lý tập trung theo các Khối tại Hội sở chính, theo đó các Khối kinh doanh và hỗ trợ có quyền chỉ đạo, kiểm soát toàn bộ hoạt động kinh doanh, vận hành theo chức năng, nhiệm vụ của Khối và trong phạm vi công việc được phân cấp, ủy quyền (từ Trụ sở chính cho đến các Chi nhánh, Phòng Giao dịch, Quỹ Tiết kiệm, Trung tâm Khách hàng và các điểm giao dịch khác trên toàn hệ thống). Các Khối, Ban có chức năng, nhiệm vụ hỗ trợ các đơn vị kinh doanh tạo ra sự giám sát và hỗ trợ tốt nhất cho các đơn vị kinh doanh theo chiến lược kinh doanh của Ngân hàng.
Về hệ thống mạng lưới PVcomBank: Tại thời điểm hợp nhất, hệ thống mạng lưới PVcomBank gồm 102 điểm giao dịch, trong đó: 01 Trung tâm giao dịch Hội sở, 30 Chi nhánh, 67 Phòng giao dịch, 04 Quỹ tiết kiệm. Tùy theo phạm vi hoạt động và yêu cầu tổ chức hoạt động kinh doanh, mô hình Quỹ tiết kiệm, Phòng Giao dịch và Chi nhánh của PVcomBank được phân loại thành 08 mô hình tổ chức. Để phù hợp với mô hình Chi nhánh, PGD của Ngân hàng TMCP, các đơn vị mạng lưới thuộc PVFC cũ đều bổ sung thành lập 02 Phòng là Phòng Khách hàng cá nhân và Phòng Dịch vụ khách hàng để cung cấp các dịch vụ Ngân hàng bán lẻ cho các cá nhân, hộ gia đình và doanh nghiệp nhỏ.