Để đa Thuế GTGT trở thành một công cụ có tính khoa học, chuyên môn hoá của quản lý Nhà nớc, Quốc hội nớc ta đã thông qua Luật Thuế GTGT. Luật Thuế GTGT từ khi mới đợc thực hiện đã thể hiện rõ tính u việt so với Luật Thuế doanh thu trớc đây, tạo điều kiện thuận lợi để Thuế GTGT đi vào cuộc sống. Đây là thành công cơ bản của Luật Thuế GTGT. Mặc dù vậy, trong quá trình thực hiện có nhiều vớng mắc từ phía các doanh nghiệp, do vậy UBTVQH, Chính phủ và Bộ Tài chính đã phải ban hành nhiều văn bản dới Luật để chỉnh sửa, bổ sung. Việc chỉnh sửa, bổ sung này ít nhiều đã làm xói mòn tính trung lập của Thuế GTGT và làm cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT gặp nhiều trở ngại.
Trở ngại lớn nhất phải nói đến ở đây là việc ban hành quá nhiều văn bản pháp quy. Tính đến nay, UBTVQH đã thông qua 2 Nghị quyết, Chính phủ đã ban hành 3 Nghị định, Bộ Tài chính ban hành 27 Thông t khác nhau hớng dẫn trong 2 năm triển khai thực hiện Luật Thuế GTGT. Việc ban hành chỉnh sửa, bổ sung quá nhiều nội dung thực hiện Luật Thuế GTGT có thể tháo gỡ cho một bộ phận doanh nghiệp này nhng lại gây khó khăn cho các doanh nghiệp khác. Làm cho các doanh nghiệp khác không nắm bắt kịp thời để thực hiện tốt. Bên cạnh đó, các nội dung đợc chỉnh sửa, thay đổi lại tập trung chủ yếu vào các vấn đề là thuế suất và diện đợc hởng thuế suất u đãi. Do vậy, ít nhiều việc ban hành các văn bản pháp quy đã làm mất tính trung lập, mất tính công bằng của Luật thuế đối với các thành phần kinh tế khác nhau, các lĩnh vực, ngành nghề khác nhau.
Đối với kiểm soát nguồn thu thuế GTGT, việc quy định quá nhiều mức thuế suất, nhiều tỉ lệ khấu trừ khác nhau đã làm cho việc thực hiện trở nên khó khăn hơn. Cán bộ thuế phải đối chiếu trên nhiều loại hàng hoá khác nhau để xác định đúng mức thuế suất, đúng tỉ lệ khấu trừ. Bên cạnh
đó, hàng hoá với công dụng khác nhau khiến Cán bộ thuế lúng túng khi tính