Bên cạnh những kết quả, hiệu quả đã đạt đợc của Tổng công ty thì vẫn còn tồn tại một số vấn đề cần phải khắc phục:
- Bên cạnh nhiều đơn vị đã hoàn thành và hoàn thành vợt mức kế hoạch đợc giao, sản xuất kinh doanh có hiệu quả, thì vẫn còn một số ít đơn vị vẫn cha hoàn thành kế hoạch trên nhiều lĩnh vực, giá trị sản lợng thấp, lợi nhuận thấp, đời sống công nhân viên còn nhiều khó khăn.
- Hiệu quả sản xuất kinh doanh của một số đơn vị còn thấp so với giá trị sản lợng hoàn thành, đây là vấn đề then chốt sống còn của đơn vị, nguyên nhân do nhiều yếu tố khách quan nh: nợ đọng bên A kéo dài, sự cạnh tranh trong đấu thầu khốc liệt, giá thành sản xuất cao…cùng với những nguyên nhân chủ quan của bản thân đơn vị.
- Tình trạng thiếu kỷ cơng, quản lý cha chặt…trong điều hành vẫn còn tồn tại, những chủ trơng, quy định của Bộ, của Tổng công ty đôi khi còn cha đợc thực hiện một cách nghiêm túc, ảnh hởng tới hiệu quả một số biện pháp do Tổng công ty đề ra nh: Việc thực hiện quy chế đấu thầu trong Tổng công ty, quy chế lập và thực hiện dự án đầu t chiều sâu vẫn còn tồn tại một số đơn vị không có dự án, không đấu thầu vẫn mua máy móc, thiết bị…
- Vốn sản xuất kinh doanh của các đơn vị vừa ít, lại phân tán, bị chiếm dụng nhiều, do đó ảnh hởng lớn tới kết quả sản xuất kinh doanh của đơn vị và của Tổng công ty. Việc thu hồi và xử lý công nợ của các nhân, đơn vị còn chậm, thiếu kiên quyết ảnh hởng xấu đến tình hình tài chính của đơn vị.
- Đội ngũ cán bộ lãnh đạo từ Tổng công ty đến đơn vị thành viên hoạt động còn cha đều, trình độ còn hạn chế…
Việc phối hợp giữa các bộ phận của Tổng công ty đối với các thành viên và với Bộ có lúc cha đồng bộ, cha kịp thời gây ảnh hởng tới sự phát triển của toàn Tổng công ty.