MJO nói đến chế độ chủ đạo của sự biến thiên nội mùa của tầng đối lưu nhiệt đới. Nó được mô tả bởi vùng phạm vi lớn bởi đối lưu nén và tăng cường, liên quan với khí áp (baroclinic) sâu chủ yếu là sự bất thường trong chu trình của đới. Cả hai yếu tố lan truyền về phía đông theo xích đạo từ tây Ấn Độ Dương tới vùng giữa của Thái Bình Dương và có tính chu kỳ cục bộ trong khoảng từ 30 đến 90 ngày. Việc mô phỏng của MJO trong mô hình khí hậu liên kết hoặc không liên kết đều chưa đạt yêu cầu,một phần do yêu cầu hiểu biết về vai trò của MJO trong hệ thống khí hậu đại dương khí quyển tăng lên. Ví dụ như, mô phỏng của MJO trong mô hình ở thời điểm với TAR là judged using gross metrics. Sự định pha không gian của của những luồng bề mặt kết hợp là xác định như sự tới hạn của sự phát triển của MJO và sự tương tác của nó với phía dưới đại dương. Như vậy, khi một mô hình có thể mô phỏng một vài đặc điểm của MJO, sự mô phỏng này có thể không thành công khi cấu trúc chi tiết của dòng bề mặt đang được nghiên cứu.
Biến thiên những đặc tính bất thường của MJO đã được mô phỏng trong nhiều mô hình hiện tại, nhưng sự biến thiên theo mô phỏng này lại không đủ mạnh để phân biệt tác động của MJO so với biến thiên nền. Sự sai số âm này về nhiều khía cạnh của MJO theo các phạm vi không gian và thời gian cho thấy rằng các mô hình khí hậu hiện thời vẫn còn mô phỏng rất kém, các tác động khí hậu quan trọng của MJO.(ví dụ kết của sự biến đổi của những cơn mưa theo gió mùa hoặc module sự phát triển hình xoáy nhiệt đới). Sự mô phỏng của cấu trúc không gian của MJO như nó tiến triển qua vòng đời vẫn còn là vấn đề. Nguyên nhân của nhiều khó khăn trong mô phỏng MJO có thể là sự tương tác bức xạ của mây và/hoặc tương tác đối lưu-độ ẩm
Mặc dù MJO có thể không phải là một chế độ đại dương khí quyển liên kết, nhưng sự liên kết không khí - biển làm tăng sự chặt chẽ về phía đông và ( mùa hè ở phía bắc) là có sự tăng lan rộng về phía bắc của phạm vi không gian - thời của\ MJO . Sự tương tác với những hoạt động của đại dương rất quan trọng đặc biệt trong thời kỳ đối lưu bị chặn khi SSTs đang ấm lên và lớp ranh giới đang bị che phủ. Như vậy, hầu hết mô hình thực của MJO được đoán trước với AOGCMs. Tuy nhiên, kết hợp lạinó không phải là giải pháp cho mọi vấn đề. Khi kết nối trong một vài mô hình cải tiến nhiều khía cạnh của MJO, đặc biệt là sự chuyển tới phiá đông và gắn với đối lưu dị thường ngang Ấn độ dương và phía tây Thái Bình Dương, khó khăn với cấu trúc theo chiều nằm ngang và vết tích theo mùa.Tiêu biểu, những môhình chỉ ra những tác động có lợi của việc kết nối dựa trên những đặc trưng truyền dẫn của MJO cũng là những mô hình mà có hầu hết sự biến động theo mùa không thực của hoạt động MJO. Mô phỏng không thực tế của các biến thiên theo mùa của hoạt động của MJO cho thấy rằng MJO mô phỏng sẽ tương tác không
thích hợp với các hiện tượng khí hậu gắn kết với chu kỳ mùa(Ví dụ: Gió mùa và ENSO).
Mô phỏng của MJO cũng bị ảnh hưởng tiêu cực bởi các sai số hệ thống trong trạng thái trung bình.
Những sai số hệ thống này bao gồm: Xu hướng phóng đại ITCZ đôi ở Ấn Độ Dương và tây Thái Bình Dương, gây sai số âm trong dự báo phạm vi về phía Đông của gió Tây về phía Tây Thái Bình Dương; Và có sai số dương trong dự báo phạm vi mở rộng về phía Tây của dòng biển lạnh Thái Bình Dương.
Sự phát triển những dòng giới hạn duy trì và mở rộng về phía đông của sự đối lưu có liên hệ với MJO,do đó, giảm độ dài của nó. Đến bây giờ , sựmôphỏng của MJO đã tỏ ra rất nhạy cảm tới sự tham số hóa dòng đối lưu trong mô hình khí hậu. Một sự nhất trí,mặcdù vẫn còn sự phản đối, xuất hiển trong sơ đồ dòng đối lưu phục thuộc vào sự ổn định theo phương thẳng đứng tại địa phương và bao gồm sự biến đổi MJO hiện thực hơn những sự đối lưu đó. Tuy nhiên một số mô hình tinh xảo không có khả năng mô phỏng những hoạt động của MJO một các hợp lý.