Bên cạnh rất nhiều những mặt được mà chương trình hiện đại hoá nghiệp vụ, đưa công nghệ thông tin vào các nghiệp vụ KBNN đã làm được cũng còn nhiều những tồn tại cần giải quyết khi tin học hoá các nghiệp vụ, cụ thể như sau:
- Đối với qui trình nghiệp vụ: Để chuyển hoá một qui trình thực hiện bằng tay, sổ sách giấy tờ cồng kềnh sang quản lý bằng máy tính là thực sự cần thiết, tuy nhiên sự ăn khớp các thao tác trên máy tính với qui trình đã có chưa thể tuyệt đối, điều này cũng không loại trừ nghiệp vụ thanh toán liên kho bạc. Các sai sót xảy ra khi thực hiện bằng máy tính rất ít xảy ra, nhưng khi có thì thường rất khó xử lý.
- Phạm vi ứng dụng chương trình: Chương trình thanh toán LKB nội tỉnh hiện nay đã được ứng dụng tốt trên mạng diện rộng tại tỉnh với qui trình thanh toán toán trực tiếp. Riêng với thanh toán ngoại tỉnh vẫn chưa thực hiện được theo qui trình này nên qui mô thanh toán còn nhỏ, khả năng đáp ứng thanh toán chưa cao.
- Các giải pháp truyền thông hiện nay chưa được đáp ứng theo đúng khả năng nên việc thanh toán ở nhiều nơi còn tắc nghẽn hoặc kết nối khó, kéo dài gây chậm trẽ trong thanh toán, chi phí truyền tin tăng.
- Đối với phần mềm ứng dụng: Phần mềm ứng dụng thanh toán LKB ngoại tỉnh là một phần mềm cũ chưa được thay đổi, vẫn hoạt động với hệ quản trị CSDL có mức độ xử lý thấp, bảo mật không cao, không phù hợp với các thiết bị Tin học có tốc độ xử lý cao như hiện nay nên việc chậm trễ là hiển nhiên không thể tránh khỏi.
- Phạm vi thanh toán: còn giới hạn với trường hợp các KBNN huyện có nhu cầu thanh toán tới các tỉnh khác hoặc các huyện khác địa bàn tỉnh. Sự bó
hẹp này cũng hạn chế nhiều tới dáp ứng yêu cầu của khách hàng, buộc phải sử dụng thanh toán thủ công.