Yếu tố con người
Yếu tố này vẫn là số 1 trong việc quyết định sự thành công của ứng dụng Tin học và các nghiệp vụ KBNN. Đặc biệt trong tinhọc hoá thanh toán LKB. đây là một nghiệp vụ rất phúc tạp, mặc dù vai trò xử lý của máy tính đẫ đơn giản rất nhiều về qui trình nhưng những sai sót xảy ra trong thanh toán LKB vẫn chủ yếu tập trung do xử lý sai tại các công đoạn, chủ yếu do lập chứng từ. Các sai sót phần lớn có thể xử lý với LKB sai lầm, tuy nhiên do tính chất trực tiếp nên không ít trường hợp cúng cần có sự can thiệp rất sâu của các cán bộ quản trị CSDL.
Trang thiết bị tin học
Với các trang thiết bị hiện nay mới chỉ giải quyết tốt về máy chủ và máy PC, để hoàn chỉnh các giải pháp về truyền thông thì ngành KBNN cần phải trang bị thêm các thiết bị về mạng, định tuyến tại các KBNN huyện và bổ sung tại Trung tâm tỉnh. Như vậy mới có thể đáp ứng tốt hơn kết nối Huyện - Tỉnh - Trung ương.
Qui chế, chế độ nghiệp vụ
Vấn đề này cũng là rào cản rất lớn trong việc ứng dụng tahnh toán LKB trực tiếp trên phạm vị toàn quốc. Xây dựng được một qui chế chặt chẽ, hoàn chỉnh, các qui định về bảo mật có tính pháp lý và có hiệu quả cao mới có thể sớm đưa thanh toán LKB ngoại tỉnh trên mạng diện rộng toàn quốc vào hoạt động, mở ra nhiều luồng thanh toán, từ các trung tâm tỉnh với nhau, các KBNN huyện khác tỉnh với nhau...
Việc ra đời qui chế, chế độ nghiệp vụ phù hợp cũng sẽ làm thay đổi các phần mềm ứng dụng còn lạc hậu hiện nay.