Bên cạnh những kết quả đạt được, Sở giao dịch I- Ngân hàng Công thương còn một số khó khăn tồn tại cần khắc phục, đó là:
Nguồn vốn huy động tuy lớn nhưng cơ cấu chưa hợp lý, thiêu tính ổn định. Nguồn tiền gửi thanh toán của các tổ chức kinh tế chiếm tỉ trọng lớn nhưng luôn biến động, tiền gửi không kì hạn chiếm tỉ trọng cao. Nguồn tiền gửi dân cư tương đối ổn định nhưng cả năm không tăng.
Cơ cấu dư nợ cho vay đối với các doanh nghiệp vừa và nhỏ, doanh nghiệp tư nhân, cho vay tiêu dùng đã được dịch chuyển theo hướng tích cực nhưng tốc độ còn chậm, tỷ trọng dư nợ còn thấp, vốn tín dụng vẫn còn tập trung vào một số khách hàng là tổng công ty nhà nước. Tỷ trọng cho vay có đảm bảo chưa đạt như kế hoạch.
Các sản phẩm dịch vụ mới (sản phẩm thẻ) triển khai chậm, thiếu đồng bộ, phạm vi sử dụng của khách hàng còn ít, uy tín sản phẩm không cao. Các dịch vụ đang khai thác vẫn chủ yếu là các sản phẩm truyền thống, không có sự khác biệt trên thị trường. Tỷ trọng thu phí dịch vụ tuy có tăng song còn thấp so với tổng thu nhập, nguồn thu chủ yếu vẫn là khoản thu từ lãI đIều hoà vốn, đầu tư và cho vay.
Chương trình hiện đại hoá ngân hàng chưa hoàn thiện và ổn định. Các sự cố kĩ thuật chưa được khắc phục kịp thời. Nhiều lúc giao dịch bị gián đoạn kéo dàI, khách hàng kêu ca nhiều.
Trình độ năng lực đa số cán bộ tuy được nâng lên nhưng vẫn không đáp ứng được yêu cầu phát triển. Số cán bộ có trình độ ngoại ngữ vi tính còn ít, do đó khả năng tiếp cận khai thác chương trình công nghệ mới phục vụ khách hàng bị hạn chế, công tác tiếp thị chưa có hiệu quả.