Thương Mại Thăng Long có tiền thân là Xí nghiệp vận tải khách và dịch vụ du lịch thuộc Công ty Vận tải tàu thuỷ Hà Nội. Công ty Vận tải tàu thuỷ Hà Nội là một doanh nghiệp nhà nước, có trụ sở giao dịch tại số 87 đường Bạch Đằng, Quận Hai Bà Trưng, thành Phố Hà Nội. Công ty do Sở Giao thông công chính Hà Nội sáng lập, được thành lập theo quyết định số 1914 QĐ/UB, ban hành ngày 1/52/1993 của UBND thành phố Hà Nội. Khi mới thành lập, số vốn cố định của Công ty là 6394 triệu đồng và số vốn lưu động là 364 triệu đồng.
Do nhu cầu của du khách ngày càng cao, cùng với sự phát triển của xã hội, Công ty Vận tải tàu thuỷ Hà Nội quyết định sắp xếp lại mô hình sản xuất kinh doanh và Xí nghiệp Vận tải hành khách và dịch vụ du lịch đã ra đời theo quyết
định số 1054/QĐ - GTCC của Sở Giao thông công chính Hà Nội. Ban đầu, Xí nghiệp Vận tải hành khách dịch vụ du lịch có chức năng vận chuyển khách
đường thuỷ đi Thái Bình, Nam Định, Hưng Yên. Sau một thời gian hoạt động để
tạo đà cho công cuộc đầu tư và phát triển du lịch Sông Hồng. Tháng 9/2002 theo quyết định số 1369/QĐUB của UBND thành phố Hà Nội, Xí nghiệp Vận tải
đường sắt và dịch vụ du lịch được chuyển giao nguyên dạng sang Công ty Du lịch và thương mại tổng hợp Thăng Long thuộc Sở Du lịch Hà Nội, và được đổi tên thành Xí nghiệp Đầu tư và phát triển Du lịch Sông Hồng cho đến nay.