Mặc dù đã đạt được một số kết quả không nhỏ nhưng các Tổng công ty nhà nước còn nhiều mặt yếu kém, hạn chế.
Trước hết là hiệu quả sản xuất kinh doanh giảm dần
Nếu năm 1996 các Tổng công ty 91 đạt tỷ suất lợi nhuận bình quân trên vốn kinh doanh là 15,1% thì năm 1997 rút xuống còn 13,2% năm 199 tăng lên 14,4% nhưng sau đó lại giảm xuống còn 12,3% vào năm 2000; tỷ suất lợi nhuận tên doanh thu tương tự là 12,8% xuống 10,5%, 9,4% và 8,1 %.
Thứ hai, thiếu vốn là một thực tế và rất nghiêm trọng
Tình trạng thiếu vốn của các Tổng công ty nhà nước có một nguyên nhân quan trọng là Nhà nước ít có biện pháp hỗ trợ ban đầu (trứơc tiên là hỗ trợ tài chính). Khi thành lập, số vốn giao cho Tổng công ty mới chỉ là vốn của các doanh nghiệp thành viên cộng lại, bản thân tổng công ty không được cấp vốn để hoạt động. Nhiều tổng công ty có số vốn do các doanh nghiệp thành viên cộng lại vẫn không đủ số vốn cần thiết tối thiểu. Ngoài ra nhièu tổng công ty có tình hình tài chính không lành mạnh, tỷ lệ nợ trên vốn chủ sở hữu cao. Nợ nhiều thì phải trả lãi vay nhiều. Trong nhiều trường hợp lãi làm ra không đủ để trả lãi vay.
Thứ ba, Quá trình tổ chức lại chưa thực sự tạo ra sự gắn kết về tài chính, công nghệ, thị trường. Do đó, hoạt động của Tổng công ty có phần rời rạc, chưa phát huy được hiệu quả sức mạnh tổng hợp của toàn tổng công ty.
Thứ tư, mối quan hệ giữa Hội đồng quản trị và tổng giám đốc. Nhiều tổng sông ty nhà nước đã tạo mối quan hệ tốt giữa Hội đồng quản trị và Tổng giám
đốc. Tổng giám đốc thực hiện nghiêm tuc các nghị quyết của Hội đồng quản trị. Hội đồng quản trị không can thiệp sâu vào hoạt động điều hành của Tổng giám dốc. Tuy vậy, chức năng quản l ý? của Hội đồng quản trị và chức năng điều hành của Tổng giám đốc chưa được quy định rõ ràng. Chính điều này đã gây không ít khó khăn cho cả Hội đồng quản trị và cả Tổng giám đốc. Chủ tịch Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc cùng do một cấp đề nghị, cùng do mọt cấp quyết định bổ nhiệm, cùng k ý? nhận vốn do nhà nước giao nên không xác định rành mạnh được quyền hạn và trách nhiệm cũng như địa vị pháp lý của mỗi chức danh này. Kết quả là cá nhân giữ vai trò quyết định, có nơi chủ tịch hội đồng quản trị can thiệp vào việc điều hành tổng công ty làm lu mờ vai trò điều hành của tổng giám đốc. Ngược lại, có nơi Tổng giám đốc lại xem nhẹ Chủ tịch hội đồng quản trị.
Thứ năm, một số cơ chế chính sách đối với tổng công ty nhà nước đến nay không còn phù hợp, đặc biệt là cơ chế hạch toán, cần được bổ sung sửa đổi kịp thời. Doanh nghiệp thành viên hach toán phụ thuộc thì bị hạn chế vai trò chủ động ssáng tạo còn doanh nghiệp thành viên hạch toán độc lập thì chỉ chăm lo cho lợi ích của riêng mình như những doanh nghiệp nhà nước độc lập ngoài tổng công ty, thiếu sự gắn kết toàn tổng công ty.
Thứ sáu, các tổng công ty 90 và tổng công ty 91 hầu như không tiến hành sắp xếp các doanh nghiệp thành viên ngoại trừ một số bộ phận của công ty thành viên và một số rất ít doanh nghiệp thành viên thực hiện cổ phần hóa và giải thể (trong các tổng công ty 901 số doanh nghiệp cổ phân fhóa chỉ chiếm 3,1%, số doanh nghiệp giải thể và phá sản chiém 0,3%).
Thứ bảy, quan hệ giữa tổng công ty với các Bộ, ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước và
thực hiện một số quyền đại diện chủ sở hữu nhà nước đối với tổng công ty chưa được thực hiện đầy dủ theo nội dung đã được phân cấp, nổi cộm nhất là trong việc duyệt dự án đầu tư và quản lý cán bộ.
Thứ tám, tổ chức Đảng, đoàn thể trong Tổng công ty nhà nước chưa đựoc hướng dẫn thống nhất.
Thứ chín, nhiều tổng công ty thiếu cán bộ có năng lực về kinh doanh phù hợp để bố trí đúng vị trí, đặc biệt là vị trí Chủ tịch hội đồng quản trị và Tổng giám đốc.
Chính vì những nhuợc điểm nói trên nên các tổng công ty hiện có tuy đạt được một số tiến bộ khác nhau nhưng so với tiêu thức của một tổng công ty mạnh hay một tập đoàn kinh tế mạnh còn một khoảng cách khá xa.