1/ Người nộp thuế có nghĩa vụ thanh toán tiền thuế theo đúng thứ tự quy định tại Điều 45 Luật quản lý thuế.
- Thứ tự thanh toán tiền thuế phải thực hiện theo tuần tự tiền thuế nợ, tiền thuế truy thu, tiền thuế phát sinh, tiền phạt trong trường hợp người nộp thuế vừa có tiền thuế nợ, tiền thuế truy thu, tiền thuế phát sinh, tiền phạt.
- Trường hợp người nộp thuế chỉ nợ một loại tiền thuế thì phải nộp theo thứ tự thời gian, khoản tiền phát sinh trước nộp trước, phát sinh sau nộp sau.
2/ Kho bạc Nhà nước, cơ quan hải quan phối hợp trao đổi thông tin về thu tiền thuế, tiền phạt để xác định thứ tự và thu theo đúng thứ tự quy định, cụ thể như sau:
2.1/ Cơ quan hải quan, theo dõi tình hình nợ thuế của người nộp thuế, hướng dẫn người nộp thuế nộp theo đúng thứ tự, xây dựng hệ thống tra cứu dữ liệu để người nộp thuế tự tra cứu và chấp hành nộp thuế theo đúng thứ tự quy định.
2.2/ Căn cứ chứng từ nộp tiền thuế của người nộp thuế, Kho bạc Nhà nước hạch toán thu ngân sách Nhà nước và luân chuyển chứng từ, thông tin chi tiết các khoản nộp cho cơ quan hải quan biết để theo dõi và quản lý.
2.3/ Trường hợp người nộp thuế nộp tiền thuế không đúng thứ tự, cơ quan hải quan lập lệnh điều chỉnh số tiền thuế đã thu, gửi Kho bạc Nhà nước để điều chỉnh, đồng thời thông báo cho người nộp thuế biết về số tiền thuế, số tiền phạt được điều chỉnh.
2.4/ Trường hợp người nộp thuế không ghi cụ thể số tiền nộp cho từng loại tiền thuế trên chứng từ nộp thuế, cơ quan hải quan hạch toán số tiền thuế đã thu theo thứ tự, đồng thời thông báo cho Kho bạc Nhà nước biết để hạch toán thu ngân sách Nhà nước và thông báo cho người nộp thuế biết.
3/ Khi Bộ Tài chính ban hành quy định mới về việc nộp thuế vào tài khoản thu ngân sách Nhà nước của cơ quan hải quan mở tại Kho bạc Nhà nước thì việc nộp thuế, hạch toán tiền thuế của người nộp thuế và việc chuyển tiền thuế đã nộp vào ngân sách Nhà nước được thực hiện theo quy định mới đó.