Trước yêu cầu đổi mới cơ chế quản lý kinh tế theo cơ chế thị trường cần thiết phải tách hoạt động quản lý quỹ NSNN ra khỏi hệ thống Ngân hàng để lành mạnh hố nền Tài chính quốc gia. Sau khi nghiên cứu kinh nghiệm hoạt động của KBNN Cộng hồ Pháp và kết quả thực hiện mơ hình thí điểm KBNN ở hai tỉnh Kiên Giang và An Giang vào những năm 1988-1989, ngày 01/04/1990, Hội đồng Bộ trưởng đã ký quyết định số 07/HĐBT thành lập hệ thống Kho Bạc nhà nước trực thuộc Bộ Tài chính. Sau 5 năm hoạt động, cần phải hồn thiện các quy trình và phương thức quản lý cho phù hợp với quá trình đổi mới của đất nước; đồng thời tạo mơi trường pháp lý thuận lợi cho KBNN hoạt động, ngày 5-4-1995 Chính phủ đã ban hành nghị định 25/CP. Và sau 9 năm hoạt động theo những quy định của nghị định 25/CP, cùng với việc đẩy mạnh cải cách nền hành chính Nhà nước, hệ thống KBNN tiếp tục được hồn thiện, phát triển về chức năng, nhiệm vụ và bộ máy. Quyết định số 235/TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 13/11/2003 đã quy định những nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của KBNN:
9 Tập trung quản lý các khoản thu NSNN; thực hiện hạch tốn số thu NSNN cho các cấp ngân sách theo qui định của pháp luật;
9 Tổ chức thực hiện chi NSNN, kiểm sốt, thanh tốn, chi trả các khoản chi từ NSNN theo qui định của pháp luật;
9 Quản lý, kiểm sốt và thực hiện nhập, xuất các quỹ tài chính nhà nước, quản lý các khoản tạm thu, tạm giữ, tịch thu, ký cược, ký quỹ, thế chấp theo quyết định của cơ quan nhà nước cĩ thẩm quyền;
9 Quản lý các tài sản Quốc gia quí hiếm theo quyết định của cơ quan nhà nước cĩ thẩm quyền; quản lý tiền, tài sản, các chứng chỉ cĩ giá của nhà nước và của các đơn vị, cá nhân gởi tại Kho bạc;
9 Tổ chức hạch tốn kế tốn NSNN, hạch tốn kế tốn các quỹ và tài sản của nhà nước giao cho KBNN quản lý;
9 Tổ chức huy động vốn trong nước và nước ngồi cho đầu tư phát triển thơng qua phát hành cơng trái, trái phiếu;
9 Thực hiện nhiệm vụ hợp tác quốc tế thuộc lĩnh vực KBNN.
Hệ thống Kho bạc nhà nước được tổ chức thống nhất từ Trung ương đến huyện, quận và cấp tương đương.
• Ở Trung ương cĩ Kho bạc nhà nước
• Ở tỉnh, thành phố cĩ Kho bạc nhà nước tỉnh (thành phố). • Ở huyện, quận cĩ Kho bạc nhà nước huyện (quận).
Thực tế hoạt động của KBNN đã khẳng định việc thành lập hệ thống KBNN trực thuộc Bộ Tài chính là một tất yếu khách quan, phù hợp với yêu cầu phát triển kinh tế – xã hội trong thời kỳ đổi mới, đặc biệt trong lĩnh vực quản lý và điều hành NSNN.