Thứ nhất, triệt để thực hiện phương thức cấp phát theo dự tốn được duyệt, tiến tới tất cả các khoản chi của NSNN đều được cấp phát theo dự tốn. Đồng thời mở rộng phạm vi, đối tượng thực hiện phương thức cấp phát NSNN theo dự tốn đã được cấp cĩ thẩm quyền phê duyệt; phương thức quản lý và kiểm sốt chi tiêu đối với các đơn vị thực hiện khốn biên chế và chi phí quản lý hành chính; đơn vị sự nghiệp cĩ thu, … Sự kết hợp giữa cấp phát, kiểm sốt chi theo dự tốn và khốn chi sẽ ngày càng hiệu quả hơn, tạo cơ chế quản lý theo kết quả đầu ra, thay vì quản lý theo đầu vào như hiện nay.
Thứ hai, cải tiến quy trình kiểm sốt chi tiêu cơng đảm bảo nguyên tắc, mọi khoản chi của NSNN đều phải được cấp phát trực tiếp từ KBNN cho chủ nợ thực sự. Bên cạnh đĩ, cần xác định rõ phương thức thanh tốn, chi trả áp dụng đối với từng khoản chi NSNN theo hướng: mở rộng phương thức xuất quỹ NSNN mà KBNN thay đơn vị thụ hưởng thanh tốn trực tiếp cho đơn vị cung cấp hàng hố, lao vụ bằng chuyển khoản qua hệ thống ngân hàng (trừ những trường hợp cĩ quy định khác về chuyển nợ); hạn chế tối đa việc xuất quỹ NSNN để cấp tạm ứng qua khâu trung gian. Do vậy, cần đổi mới mạnh mẽ phương thức thanh tốn trong nền kinh tế, mở rộng và áp dụng các phương thức thanh tốn khơng dùng tiền mặt, thanh tốn điện tử, cĩ quy định chặt chẽ và hạn chế thanh tốn bằng tiền mặt.
Thứ ba, hồn thiện chức năng, luật hố hoạt động và nâng cao chất lượng hoạt động KBNN với tư cách là cơ quan quản lý, điều hành ngân quỹ quốc gia, là tổng kế tốn cơng. Để làm được điều này, cần phải đổi mới cơng tác và tổ chức bộ máy kế tốn ngân sách theo hướng: kế tốn viên tại các đơn vị dự tốn chịu sự chỉ đạo nghiệp vụ trực tiếp của KBNN, thực hiện kiểm tra, kiểm sốt các nghiệp vụ thu, chi NSNN một cách khách quan, độc lập với người chuẩn chi. Cơng tác hạch tốn kế tốn quỹ NSNN được tập trung vào một đầu mối và do KBNN đảm nhiệm theo luật NSNN quy định. Quá trình hình thành tổng kế tốn cơng sẽ chia làm 2 giai đoạn: giai đoạn hợp nhất kế tốn NSNN và giai đoạn thiết lập tổng kế tốn cơng.
