Luật hải quan được Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam thông qua ngày 29/06/2001 và có hiệu lực từ ngày 01/01/2002, sau 04 năm thực hiện đã phát huy hiệu quả tương đối toàn diện, đã được Chính phủ, cộng đồng doanh nghiệp đánh giá là đã tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu, góp phần tích cực thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội, giữ gìn an ninh, thu hút đầu tư và hội nhập kinh tế quốc tế.
Tuy nhiên qua quá trình thực hiện Luật hải quan cũng bộc lộ một số hạn chế chưa phù hợp với điều kiện thực tiễn : chưa quy định những nguyên tắc đảm bảo cho thực hiện tối thiểu kiểm tra thực tế hàng hóa, chưa đảm bảo đủ cơ sở pháp lý cho việc triển khai thủ tục hải quan điện tử, ... chưa đáp ứng được yêu cầu tiến hành hiện đại hóa quản lý hải quan và hội nhập quốc tế. Trong điều kiện Việt Nam đã là thành viên của WTO, theo những cam kết trong các hiệp định song phương và các nghĩa vụ của một thành viên WTO, Việt Nam phải thực hiện Hiệp định thuế quan và thương mại (Hiệp định trị giá GATT), Hiệp định về các khía cạnh liên quan đến thương mại của quyền sở hữu trí tuệ (TRIPs), Công ước Kyoto về đơn giản và thống nhất hóa thủ tục hải quan (Công ước Kyoto sửa đổi 1999), Công ước hệ thống mô tả hài hòa và mã hóa hàng hóa (Công ước HS),... điều này đòi hỏi các quy định về hải quan phải được công khai, minh bạch, đơn giản hóa hơn nữa, đáp ứng được các chuẩn mực quốc tế; hài hòa với những quy định của các đối tác thương mại với Việt Nam, tạo hành lang pháp lý để thực hiện cải cách hành chính và hiện đại hóa hoạt động hải quan.
Để đáp ứng các yêu cầu trên, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật hải quan sửa đổi bổ sung đã được Quốc hội khóa XI thông qua ngày 14/6/2005
và có hiệu lực từ ngày 01/01/2006. Một trong những nội dung cơ bản được sửa đổi bổ sung trong Luật là :
- Luật sửa đổi đã bổ sung quy định về nguyên tắc kiểm tra hải quan theo phương pháp quản lý rủi ro, chủ yếu dựa trên cơ sở phân tích thông tin, đánh giá mức độ rủi ro về vi phạm pháp luật hải quan, nguyên tắc này làm cơ sở cho việc quy định kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa và KTSTQ, đây là vấn đề mấu chốt của quản lý hải quan hiện đại. Với nguyên tắc này mục tiêu đặt ra là : việc kiểm tra hải quan được tiến hành có trọng điểm dựa trên việc phân tích và xử lý thông tin để công chức hải quan có thẩm quyền quyết định mức độ kiểm tra, vừa tạo thuận lợi cho thương mại vừa đảm bảo quản lý nhà nước.
- Quy định về KTSTQ : Luật sửa đổi đã mở rộng phạm vi KTSTQ đối với các trường hợp không chỉ có dấu hiệu vi phạm mà còn được thực hiện dựa trên cơ sở phân tích thông tin để cơ quan hải quan quyết định kiểm tra. Luật hải quan trước đây quy định KTSTQ chỉ được thực hiện khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan, quy định này tránh được việc cơ quan hải quan tùy tiện, kiểm tra tràn lan song lại đồng nghĩa với việc KTSTQ tức là doanh nghiệp có vi phạm pháp luật, do vậy một doanh nghiệp bị KTSTQ sẽ bị ảnh hưởng đến uy tín. KTSTQ thực chất là khâu nghiệp vụ tiếp theo của kiểm tra hải quan, qua kiểm tra cơ quan hải quan có thêm thông tin để quyết định hình thức kiểm tra, giám sát thích hợp, cùng với việc mở rộng diện hàng hóa được miễn kiểm tra thực tế khi làm thủ tục hải quan thì cần thiết phải có biện pháp phòng ngừa, ngăn chặn các vi phạm. Trong hoạt động GC xuất khẩu, quy định nới rộng này giúp cơ quan hải quan có thể xây dựng kế hoạch KTSTQ định kỳ đối với những doanh nghiệp có định mức cao, nguyên vật liệu thuộc diện có thuế suất cao, sản phẩm GC thường xuyên tiêu thụ nội địa, thực hiện cùng lúc nhiều loại hình kinh doanh khác nhau ( như vừa GC vừa NSXXK ...).