Theo quy định của Luật thương mại thì quan hệ trao đổi, mua bán hàng hóa giữa doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp chế xuất là quan hệ xuất nhập khẩu do vậy hàng hóa ra vào giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp trong nước phải làm thủ tục hải quan như đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam.
Đối với hàng hóa doanh nghiệp trong nước nhận GC cho các doanh nghiệp chế xuất cũng được thực hiện và làm thủ tục hải quan như đối với hàng hóa GC xuất khẩu ra nước ngoài. Tuy nhiên, đa số các doanh nghiệp trong nước GC cho các doanh nghiệp chế xuất là các cơ sở nhỏ, quy mô sản xuất không lớn, nằm ở các địa bàn khác nhau do vậy việc quản lý các doanh nghiệp này rất khó khăn.
Thực tế tại Hải quan Đồng Nai, các doanh nghiệp trong nước nhận GC cho các doanh nghiệp chế xuất đa số có địa chỉ tại thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Bình Dương. Tại các địa phương trên, doanh nghiệp nhận GC cho các doanh nghiệp chế xuất không có xuất nhập khẩu hàng hóa với nước ngoài do vậy cũng không làm thủ tục hải quan tại thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Bình Dương, Hải quan địa phương cũng không quản lý doanh nghiệp trên. Trong khi đó do các doanh nghiệp trên nằm ở xa Đồng Nai việc quản lý đối với các doanh nghiệp này là hết sức khó khăn và thực tế Hải quan cũng không biết chính xác được tình hình sản xuất, GC thực tế cũng như tiến độ thực hiện hợp đồng GC xuất khẩu của các doanh nghiệp trong nước đối với doanh nghiệp chế xuất.