Có một số phương phâp tâch phđn lập vă xâc định thănh phần, số lượng vă trình tự amino acid trong peptide. Nguyín tắc chung của câc phương phâp tâch phđn lập vă xâc định peptide về cơ bản cũng như đối với protein. Tuy nhiín peptide lă những đoạn ngắn của chuỗi polypeptide vì thế có thể bỏ qua giai đoạn cắt chuỗi polypeptide thănh câc peptide nhỏ mă có thể tâch phđn lập ngay bằng phương phâp điện di hay sắc ký để tâch riíng từng peptide. Sau khi đê tâch riíng câc peptide người ta tiến hănh thuỷ phđn nó hoăn toăn thănh câc amio acid tự do. Từ đó xâc định câc amino acid đầu N-tận cùng vă amino acid đầu C-tận cùng. Câc dữ liệu thu được qua phđn tích sẽ được so sânh đối chiếu vă tổng hợp lại. Ví dụ, Puppy vă Bodo phđn tích một peptide của dịch khi thuỷ phđn Cytocrom C thu được câc dử kiện sau đđy:
- Thănh phần amino acid của peptide sau khi được thuỷ phđn hoăn toăn vă sắc ký lă 2Cys, 1 Ala, 2 Glu,1His, 1Thr, 1Val,vă 1Lys.
- Dùng phương phâp Sanger xâc định được amino acid đầu N-tận cùng lă Cys vă phương phâp carboxypeptidase xâc định được amino acid đầu C-tận cùng lă Lys.
- Cấu tạo của peptide nhỏ (bằng câch thuỷ phđn từng phần ban đầu vă xâc định câc amino acid , amino acid đầu N-tận cùng vă amino acid đầu C-tận cùng của mỗi peptide nhỏ):
Cys- Ala Glu- Cys (Val- Glu) Cys-(Ala,Glu) Cys- His Thr (Val, Glu) Ala- Glu Glu (Cys, His) Glu- Lys
Thr (Val, Glu, Lys)
Tổng hợp câc dữ kiín trín, họ đê xâc định được trình tự câc amino acid của peptide nghiín cứu lă:
H2N-Cys-Ala-Glu-Cys-His-Thr-Val-Glu-Lys-COOH.
Đđy lă nguyín tắc chung để xâc định một trình tự trong peptide. Tuy nhiín đối với những peptide dăi việc xâc định rất phức tạp.