TTCK Việt Nam mới thành lập và vào hoạt động được hơn một năm,
một khoảng thời gian còn rất ngắn, do đó, thị trường vẫn còn mang tính sơ khai và những hạn chế, bất cập trong giai đoạn này là điều khó tránh khỏi. Nếu phân tích kỹ ta sẽ thấy TTCK hiện nay còn bộc lộ hạn chế về nhiều mặt, song ở đây sẽ chỉ đề cập đến những hạn chế làm ảnh hưởng đến hoạt động của các CTCK. Có thể nêu thành ba vấn đề chủ yếu là: TTCK Việt Nam không có sự phát triển của thị trường OTC làm tiền đề; hàng hoá trên thị trường hiện nay còn nghèo nàn, ảnh hưởng của các quyết định mang tính chất hành chính của UBCKNN tới hoạt động của thị trường.
Trong lịch sử phát triển TTCK trên thế giới, ngoại trừ Trung Quốc, TTCK tập trung được hình thành sau một thời gian hình thành và phát triển TTCK bán tập trung hay còn gọi là thị trường giao dịch ngoài quầy OTC. Như vậy, cơ sở nền tảng ban đầu cho sự ra đời của thị trường chính thức trên thế giới là những giao dịch ngoài quầy OTC. Đó là nơi trao đổi các chứng khoán của tất cả các doanh nghiệp vừa và nhỏ. OTC cũng là nơi để các doanh nghiệp thăm dò, tìm hiểu và làm quen dần với hoạt động của TTCK. Đây cũng là nơi để mọi tầng lớp dân cư tiếp cận với các loại chứng khoán, cũng là nơi tạo uy tín, danh tiếng cho các doanh nghiệp thêm vững chắc, tự tin bước vào TTCK tập trung như một sự rèn luyện. Việt Nam ngay từ ban đầu đã thành lập ngay thị trường tập trung nên cả công chúng và các doanh nghiệp còn nhiều bỡ ngỡ, e dè, do đó hạn chế sự tham gia của họ vào thị trường.
Về vấn đề hàng hoá, như chúng ta đều biết, đối với bất kỳ một thị trường nào thì hàng hoá luôn là một yếu tố rất quan trọng, quyết định đến hoạt động và sự tồn tại của thị trưòng. Đối với TTCK cũng vậy. Có thể nói TTCK Việt Nam trong giai đoạn đầu lâm vào tình trạng khan hiếm hàng hoá nghiêm trọng, gây nên sự mất cân đối lớn giữa cung và cầu, làm cho những yếu tố của thị trường trở nên sai lệch.
Cho đến nay, có thể nói, lượng hàng hoá trên thị trường giao dịch tập trung đã được cải thiện phần nào, tuy nhiên, xét một cách toàn diện thì quy mô giao dịch của thị trường vẫn còn quá nhỏ bé, thị trường phát triển chậm, chưa tương xứng với vai trò của một kênh huy động vốn trung và dài hạn cho nền kinh tế. Số lượng các chứng khoán niêm yết giao dịch quá ít, kể cả loại chứng khoán và giá trị chứng khoán giao dịch. Con số 21 loại cổ phiếu niêm yết so với số CTCP hiện có thì quả là một cón quá nhỏ bé. Về phía các DNNN thực hiện CPH, cho đến nay, trong số 5600 DNNN mới chỉ có 800 doanh nghiệp thực hiện CPH, chiếm 7% - một tỷ lệ không cao. Hơn nữa, trong số này chỉ chưa tới 100 Công ty thoả mãn các điều kiện niêm yết chứng khoán tại TTGDCK.
Những con số trên cho thấy, thứ nhất, tiến trình CPH các DNNN – nguồn cung cấp hàng hoá tiềm năng cho TTCK – diễn ra quá chậm; thứ hai, số các Công ty đáp ứng đủ điều kiện niêm yết trong tổng số các CTCP còn quá ít. Bên cạnh đó, có những Công ty có đầy đủ điều kiện niêm yết trên thị trường nhưng vì một lý do nào đó mà chưa hoặc không muốn tham gia niêm yết. Một loại hàng hoá khác của TTCK là trái phiếu cũng không khả dĩ hơn, hiện tại chủng loại trái phiếu vẫn duy trì ở con số 39 loại TPCP và 2 loại trái phiếu doanh nghiệp. Do vậy, có thể nói, hàng hoá trên TTCK Việt Nam hiện nay còn rất nghèo nàn.
Về vấn đề từ phía các nhà quản lý thị trường, mà ở đây là UBCKNN, cũng còn nhiều hạn chế nhất định trong quá trình quản lý, giám sát hoạt động của thị trường. Cụ thể là việc UBCKNN thực hiện quản lý, điều hành thị trường thông qua
các quyết định hành chính của mình. Dĩ nhiên không thể phủ nhận đây là việc làm cần thiết đẻ bảo vệ các nhà đầu tư và hướng thị trương trong giai đoạn đầu đi theo đúng con đường đã định song mặt trái của nó là gây ra những tác động tiêu cực đến thị trường. Sở dĩ như vậy là do các quyết của UBCKNN đưa ra đôi khi mang tính chất tình thế, tạm thời và hơi đột ngột, làm cho các nhà đầu tư “không kịp trở tay” và trở nên lưỡng lự khi tham gia giao dịch do họ cảm thấy quyết định đầu tư của mình bị can thiệp sâu và bất ngờ, làm ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư của họ, gây tâm lý bất ổn, chán nản.
Tóm lại, khi hàng hoá ít thì cũng không thể có nhiều người mua, và khi nhà đầu tư không được chủ động trong các quyết định của mình thì tất yếu họ cũng không mặn mà lắm với việc mua bán giao dịch. Do đó, hai vấn đề nổi cộm nêu trên từ phía TTCK cũng chính là nguyên nhân hạn chế hoạt động của các CTCK.