Bảo tồn các quần xã sinh vật nguyên vẹn là cách bảo tồn có hiệu quả nhất toàn bộ tính đa dạng sinh học. Có ba cách bảo tồn:
• Xây dựng các khu bảo tồn;
• Thực hiện các biện pháp bảo tồn bên ngoài các khu bảo tồn; • Phục hồi các quần xã sinh vật tại các nơi cư trú bị suy thoái.
Các quần xã sinh vật biến đổi rất đa dạng, từ một vài quần xã không hề chịu tác động bởi các hoạt động của con người, ví dụ như những quần xã trên thềm đáy đại dương hay trong những vùng sâu, vùng xa rất hẻo lánh của rừng nhiệt đới Amazôn tới những quần xã bị biến đổi lớn như vùng khai mỏ, các vùng đất canh tác nông nghiệp, khu công nghiệp, các thành phố và các hồ nhân tạo. Tuy nhiên, cả ở những nơi xa xôi hẻo lánh nhất của trái đất vẫn có ảnh hưởng của con người do gia tăng nồng độ cacbonic và khai thác các sản phẩm tự nhiên có giá trị, và ngược lại, cả ở những nơi đã bị cải biến lớn vẫn còn sót lại những quần xã sinh vật nguyên bản.
Tính đa dạng sinh học có thể còn hiện hữu trong một số cánh rừng nhiệt đới được chặt chọn, những vùng đại dương và biển bị đánh bắt quá mức. Khi một khu bảo tồn được thành lập cần phải có sự hòa hợp giữa việc bảo tồn đa dạng sinh học và chức năng của các hệ sinh thái với việc thỏa mãn các nhu cầu trước mắt cũng như lâu dài của cộng đồng dân cư địa phương và của Chính phủ đối với các nguồn tài nguyên đó.