Khi hai cơ quan Bảo hiểm xã hội và BHYT sáp nhập đầu năm 2003 thì gánh nặng đè lên vai một cơ quan chủ quản mới là Bảo hiểm xã hội, cùng lúc quản lý hai hình thức Bảo hiểm xã hội và BHYT, mỗi hình thức cĩ một sự phức tạp khác nhau. Thực tế đã chứng minh sự bội chi trong thời gian qua, một phần nguyên nhân là do năng lực của hệ thống Bảo hiểm xã hội vẫn chưa rõ ràng, chưa cĩ đủ
chỉnh nào về lĩnh vực của mình quản lý thì cơ quan Bảo hiểm xã hội phải trình Chính phủ và các Bộ ngành liên quan, nên đến khi trình được thì thời gian đã qua, sự phù hợp khơng cịn khả thi và lúc đĩ lại phát sinh những vấn đề phức tạp khác. Rõ ràng cơ quan Bảo hiểm xã hội chỉ là cơ quan thực hiện, khơng cĩ quyền xử phạt,..chỉ cĩ quyền kiến nghị, hoặc tham gia đồn kiểm tra liên ngành kiến nghị
những cơ quan chức năng kiểm tra và xử phạt. Vì vậy, việc trốn đĩng BHYT cịn khá phổ biến ở các đơn vị ngồi quốc doanh. Ở các tỉnh, thành phố thì mối quan hệ
giữa cơ quan Bảo hiểm xã hội và Sở y tế chỉ dừng lại ở một bên là đơn vị nhận cung ứng dịch vụ và một bên thanh tốn một phần chi phí cho dịch vụđể đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh cho người tham gia thơng qua Hợp đồng khám chữa bệnh, dẫn đến tình trạng cịn cơ sở y tế từ chối ký hợp đồng khám chữa bệnh BHYT, nhận đăng ký khám chữa bệnh BHYT cĩ sự lựa chọn đối tượng hoặc hạn chế nhận bệnh nhân, việc thống nhất giá dịch vụ kỹ thuật cao phục vụ bệnh nhân BHYT rất khĩ khăn.
Trong quản lý thực hiện thì các nguồn đĩng gĩp của BHYT được quản lý tập trung, nhưng hạch tốn riêng theo từng nhĩm như quỹ BHYT bắt buộc, quỹ
BHYT tự nguyện, quỹ BHYT cho người nghèo nhằm kiểm tra mức đĩng và khả
năng chi trả chung của từng nhĩm để cĩ sựđiều chỉnh mức đĩng những năm tiếp theo. Tuy nhiên, sẽ cĩ sự điều chỉnh kịp thời giữa các nhĩm đối tượng tham gia BHYT khi cĩ sự thiếu hụt quỹ của một nhĩm đối tượng nào đĩ, khơng để tình trạng người bệnh của nhĩm đĩ bị hết quỹ mà khơng được khám chữa bệnh.