KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Thu thập mẫu tại các vùng trồng điều thuộc tỉnh Ninh Thuận
4.4.3. Kết quả khuếch đại chọn lọc
Sau khi điện di sản phẩm PCR khuếch đại chọn lọc trên máy giải trình tự DNA, chúng tôi nhận thấy 2 cặp tổ hợp primer 1 và 3 là cho kết quả tốt nhất. Cặp primer 1 cho 16 band và cặp primer 3 cho 19 band, tuy nhiên cặp primer 1 cho band ở cả 4 mẫu trong khi cặp primer 3 chỉ cho các band ở mẫu BA46, NS40 và NH12. 2 cặp primer này có thể được dùng để chạy AFLP trong việc đánh giá đa dạng quần thể điều.
Hình 4.17: Các band thể hiện dƣới dạng peak trong kết quả điện di trên máy giải trình tự DNA
Trong 12 cặp primer chọn lọc được sử dụng có 6 cặp dùng primer MseI-CAA và 6 cặp dùng primer MseI-CAG. Vậy sự khác biệt của kết quả là dựa vào primer EcoRI-AXX. Ở đây kết
quả thu được chỉ có 35 band (số band của tổ hợp primer 1 và 3) và mẫu NP10 chỉ có 4 band, mẫu NH12 có 6 band. Điều này cho thấy việc sử dụng tổ hợp primer EcoRI-AXX thu được thông tin quá ít, có thể chưa đủ số liệu để đánh giá chính xác mối quan hệ của các mẫu nghiên cứu. Để thu được lượng thông tin nhiều hơn nên khảo sát thêm các tổ hợp primer EcoRI-AX.
Sau khi điện di sản phẩm PCR chọn lọc trên máy giải trình tự DNA, kết quả được đưa qua phần mềm NTSYS để sử lý số liệu (mã hóa số liệu được trình bày ở bảng 4.4 phần phụ lục II)
Bảng 4.3: Hệ số đồng dạng di truyền của 4 mẫu điều trong kỹ thuật AFLP
Tên Mẫu NP10 NH12 NS40 BA46
NP10 1.0000000
NH12 0.6774194 1.0000000
NS40 0.4193548 0.2258065 1.0000000
BA46 0.5161290 0.1935484 0.5806452 1.0000000
Qua bảng 4.3 chúng tôi thấy hệ số đồng dạng di truyền biến thiên từ 0,19 đến 0,67, các mẫu này có quan hệ di truyền rất xa nhau, so với bảng 4.1 hệ số đồng dạng di truyền của các mẫu khác nhau. Điều này nói lên mức độ tin cậy giữa 2 kỹ thuật. Tuy nhiên vì kỹ thuật AFLP chỉ thực hiện trên 4 mẫu và chỉ ở mức độ khảo sát 12 cặp tổ hợp primer nên chưa thể đưa ra kết luận để so sánh và đánh giá các mẫu.
Coefficient 0.34 0.42 0.51 0.59 0.68 NP 10 NP 10 NH12 NS40 BA46
Hình 4.18: Cây phát sinh chủng loại của 4 mẫu trong kỹ thuật AFLP
Qua hình 4.18 chúng tôi thấy mẫu NP10 và NH12 có hệ số đồng dạng di truyền khoảng 0,68 gần giống với kỹ thuật RAPD (0,61). Mẫu NS40 và BA46 có quan hệ di truyền giống nhau khoảng 58% trong khi kỹ thuật RAPD là 76%. Điều này cho thấy độ tin cậy của 2 kỹ thuật có một sự chênh lệch nhất định.
