Hiện nay chính sách khuyến khích các doanh nghiệp nhà nước thành Công ty cổ phần đã và đang được hoàn thiện theo hướng tạo mọi điều kiện cho doanh nghiệp cổ phần hóa xử lý mọi tồn tại, lành mạnh hóa tài chính tiuy nhiên thực tế doanh nghiệp vẫn gặp khá nhiều khó khăn trong việc xử lý tài chính như sau:
Xử lý nợ phải thu khó đòi
Nợ phải thu khó đòi luôn tồn tảitong các doanh nghiệp nhà nước; các khoản nợ này do sự quản lý yếu kém trong các doanh nghiệp, thường xử lý bằng việc trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi vào chi phí kinh doanh. Mức trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi thường biến động theo khả năng tổn thất hoặc đã quá thời hạn cam kết thanh toán. Tại thời điểm định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá, các khoản nợ đó vẫn không có khả năng thu hồi vẫn không được loại trừ khỏi giá trị tài sản của doanh nghiệp, khoản dự phòng đã trích lập cho khoản nợ này sau khi sử dụng để bù đắp tổn thất cho khoản nợ không có khả năng thu hồi, nếu còn, doanh nghiệp hoàn nhập vào kết quả kinh doanh. Do đó, khoản nợ phải thu khó đòi mặc dù đã được trích lập dự phòng vẫn được bàn giao sang Công ty cổ phần, khi không đòi được nợ công ty chịu lỗ và tất yếu giá trị doanh nghiệp giảm xuống. Hiện nay các quy định về xử lý nợ yêu cầu phải có căn cứ, chứng từ hồ sơ đầy đủ thì mới được xử lý. Do đa số các khoản nợ xấu phát sinh từ rất lâu, những cá nhân liên quan đến các tồn tại về nợ đã thuyên chuyển công tác hoặc đã nghỉ hưu, việc quy trách nhiệm là rất khó khăn. Vì vậy, việc xử lý nợ là rào cản lớn trong công tác định giá doanh nghiệp
Đối với sản phẩm dở dang, công trình đầu tư xây dựng dở dang, Giá trị được xác định theo thực tế phát sinh hạch toán trên sổ kế toán. Tuy nhiên không phải chi phí nào cũng có đủ giấy tờ để hachj toán. Quy định tồn tại bất cập đó là trong các khoản chi phí đã phát sinh có thể có những khoản chi không hợp lý hoặc có những khoản chi thực tế đã chi nhưng cần phải xem xét đánh giá lại, kết chuyển sang các chi phí khác.