Có thể nói, buôn bán song phơng giữa Việt Nam và Nhật Bản ngày càng phát triển và không ngừng tăng lên cả vể khối lợng và qui mô. Sự gia tăng này đã đáp ứng đợc về cơ bản nhu cầu của cả hai phía. Tuy nhiên, trao đổi thơng mại giữa hai nớc vẫn còn một số hạn chế sau đây:
Quy mô buôn bán còn quá nhỏ so với tiềm năng kinh tế của hai nớc; kim ngạch buôn bán giữa Việt Nam và Nhật Bản trong tổng kim ngạch ngoại thơng của Nhật Bản là không đáng kể, khoảng chừng 0,7 – 0,9 % và chiếm khoảng trung bình 15 % tổng kim ngạch ngoại thơng của Việt Nam trong các năm nh đã nói ở trên. Điều này cho thấy, trong quan hệ thơng mại song phơng Việt Nam phụ thuộc đáng kể vào Nhật Bản, còn Nhật Bản không phụ thuộc nhiều vào Việt Nam. Mức độ phụ thuộc của Việt Nam vào Nhật lớn hơn nhiều so với các nớc đang phát triển khác ở Châu á nh Malaysia, Thái Lan, Inđônêxia… Vì vậy, nếu nh có bất kỳ một sự thay đổi nào trong chính sách ngoại thơng của Nhật Bản hoặc thị trờng Nhật Bản thì sẽ gây cho nền kinh tế của Việt Nam một cú xốc tơng ứng; ví dụ nh: sự trừng phạt buôn bán, sự tăng giảm giá của đồng Yên hoặc sự thay đổi chính sách… đều gây tác hại đối với nền kinh tế Việt Nam nhiều hơn những gì mà thị trờng Việt Nam có thể gây ra cho Nhật Bản.
Cơ cấu hàng hoá trao đổi còn nhiều bất cập: Việt Nam xuất sang Nhật Bản nguyên liệu khoáng sản, thủy hải sản chủ yếu dới dạng thô hoặc mới qua sơ chế và một số mặt hàng công nghiệp nhẹ, hàng gia công, nhng lại nhập từ Nhật những hàng công nghiệp nặng. Nh vậy, Việt Nam đã xuất sang thị trờng này những hàng hoá sử dụng nhiều lao động, tài nguyên thiên nhiên, đồng thời nhập từ đó những loại hàng hoá sử dụng ít nguyên liệu nhng chứa đựng một hàm lợng chất xám cao.
Cơ cấu buôn bán giữa hai nớc phản ánh giai đoạn phát triển hiện tại của nền kinh tế Việt Nam với những lợi thế tơng đối về tài nguyên và lao động.
Về mặt thực tiễn, cán cân thơng mại nghiêng về xuất khẩu là một hiện tợng lành mạnh đối với nền kinh tế Việt Nam vì doanh thu ngoại tệ. khả dĩ có thể chuyển thành hàng hoá giúp cho sự phát triển các ngành công nghiệp chế tạo – cơ sở cho sự thay đổi cơ cấu hàng xuất khẩu Việt Nam trong tơng lai. Tuy nhiên, cơ cấu này chỉ có u điểm trong thời gian ngắn từ 3 – 5 năm hoặc tối đa là 7 năm, nếu kéo dài sẽ hoàn toàn bất lợi đối với Việt Nam trong trao đổi mậu dịch. Thặng d thơng mại của Việt Nam với Nhật Bản trong thời gian qua chủ yếu là do dầu thô mang lại. Mức thặng d của Việt Nam trong buôn bán vớ Nhật Bản là khá lớn nhng những thiệt hại khác thì cha ai tính đợc.
Rất có thể, trong thời gian tới Việt Nam sẽ phải đơng đầu với sự thâm hụt trở lại trong cán cân thơng mại với Nhật Bản vì với yêu cầu của công nghiệp hoá, đòi hỏi Việt Nam phải nhập khẩu một khối lợng lớn máy móc; thiết bị, dây chuyền công nghệ hiện đại… Ngời ta dự báo rằng, với tiến trình Công nghiệp hoá đang diễn ra ở Việt Nam thì trong thời gian một vài năm tới (từ năm 2006 – 2010) Việt Nam sẽ nhập siêu từ Nhật. Mức nhập siêu sẽ không phải là nhỏ nếu; Việt Nam không nhanh chóng thay đổi cơ cấu hàng xuất khẩu của mình sang thị trờng này.
Quan hệ buôn bán giản đơn cha gắn liền với hình thức hợp tác kinh tế quốc tế, đặc biệt là với hình thức đầu t (liên doanh, liên kết) và tài trợ phát triển chính thức (ODA). Chính vì vậy, mà các doanh nghiệp Việt Nam cha có chỗ đứng trên thị trờng Nhật Bản. Trong khi đó, quan hệ buôn bán của phía Nhật Bản đã bớc đầu đợc đặt trong mối quan hệ với ODA và hình thức đầu t trực tiếp FDI cũng nh phân bố mạng lới sản xuất trong khu vực, do đó các doanh nghiệp Nhật Bản tạo đợc chỗ đứng vững chắc trên thị trờng Việt Nam.
Với thực trạng quan hệ thơng mại Việt Nam – Nhật Bản nh hiện nay, vấn đề đặt ra là Việt Nam phải giải quyết những tồn tại, và khắc phục các mặt hạn chế để thúc đẩy quan hệ thơng mại song phơng phát triển tơng xứng vơí tiềm năng của hai nớc. Nói cách khác, Việt nam cần phải mở rộng và nâng cao hiệu quả hoạt động thơng mại song phơng với Nhật Bản.
Ch