Nội bộ họ Trần mất đoàn kết vào khoảng cuối thời trị vì của vua Minh Tông. Nhà vua vì nghe lời dèm pha, giết hại Trần Quốc Chân, một công thần và đồng thời là cha của Hoàng hậu. Từ đó mầm mống chia rẽ nổi lên.
Vua Minh Tông nhường ngôi cho Thái Tử vào năm 1329 lên làm Thượng hoàng. Thật ra Thượng hoàng vẫn nắm trọn quyền hành vì Trần Hiển Tông khi làm vua chỉ có 10 tuổi và đến năm 23 tuổi thì chết. Một người con khác của Minh Tông lên làm vua là Trần Dụ Tông.
Bắt đầu từ đây triều đại nhà Trần suy yếu dần. Vua Dụ Tông là người rượu chè, hoang phí, hay xây cung điện và đánh bạc. Các người tài giỏi của thời trước thì đã qua đời, thế hệ tiếp chưa có ai, chỉ còn lại Chu An. Thấy triều đình chính nghiêng ngả, Chu An dâng sứ xin chém 7 nịnh thần (vẫn thường được gọi là "Thất trảm sớ") nhưng vua không nghe, Chu An bèn từ quan về ở ẩn.
Trong nước loạn lạc khắp nơi. Ngoài ra, người Chăm, dưới sự lãnh đạo của vị vua tài ba Chế Bồng Nga, đòi lại đất Hóa Châu và Thuận Châu.
Từ đấy cho đến khi bị Hồ Quý Ly cướp ngôi, triều Trần lâm vào cảnh rối loạn. Quân Chăm đánh phá liên tục. Các ông vua không đủ sức bảo vệ đất nước. Một ông vua bị giết tại trận chiến (vua Trần Duệ Tông) còn quân Chăm thì "ra vào Đại Việt như chỗ không người". Trong các năm 1377, 1378 quân Chăm vào đánh tận Thăng Long, vua Trần phải bỏ thành mà chạy. Mãi đến 1389. Trong một trận quyết chiến, Trần Khát Chân giết được Chế Bồng Nga, đất nước mới tạm yên về mặt đối ngoại, nhưng trong nội bộ thì thế lực của nhà Trần đã hết. Một thế lực khác nổi lên chi phối toàn bộ việc triều chính, đó là của Lê Quý Ly.
Lê Quý Ly vốn có tổ tiên họ Hồ, người Chiết Giang (Trung Quốc) sang sinh sống ở Quỳnh Lưu. Đến ông tổ bốn đời của Quý Ly lại dời ra Thanh Hóa làm con nuôi cho một gia đình họ Lê nên đổi ra hộ Lê. Quý Ly có hai người cô đều lấy vua Trần Minh Tông, một người là mẹ của vua Trần Nghệ Tông, người kia là mẹ của Trần Duệ Tông. Dưới triều vua Trần Nghệ Tông (1370-1372), Lê Quý Ly làm đến chức Khu Mật đại sứ và rất được Nghệ Tông tin dùng. Vào đời Trần Duệ Tông (1372-1377), ngoài việc bản thân vua là con người cô của Quý Ly, thì hoàng hậu cũng là em họ của Quý Ly. Uy quyền của Quý Ly vì thế nghiêng trời lệch đất.
Sau khi vua Trần Duệ Tông chết trong trận đánh với quân Chăm, con là Trần Nghiện lên nối ngôi, sử sách thường gọi là Đế Hiển (1377-1388). Nhà vua thấy Lê Qúy Ly quá chuyên quyền muốn trừ đi nhưng âm mưu bại lộ. Quý Ly bèn tâu với Thượng hoàng Nghệ Tông rằng Đế Hiển chỉ là cháu của Nghệ Tông mà lại được làm vua, xưa nay thiên hạ bỏ cháu nuôi con chứ không ai bỏ con nuôi cháu. Nghệ Tông nghe lời, giáng Trần Nghiện xuống rồi bắt thắt cổ chết và lập con út của mình lên làm vua, đó là Trần Thuật Tông (1388-1398).
Quý Ly đem con gái gả cho Thuật Tông còn bản thân thì giữ chức Phụ chính Thái sư. Vào năm 1397 Quý Ly cho xây dựng kinh đô mới ở Thanh Hóa, gọi là Tây Đô (tức là thành ) rồi ép vua phải vào đấy ở.
Năm sau, Quý Ly lại ép Trần Thuận Tông phải nhường ngôi cho con là Trần án (cũng là cháu ngoại của Quý Ly). Nhưng rồi Thuận Tông cũng bị Quý Ly bức tử chết.
Trần án chỉ mới ba tuổi, lên làm vua là Trần Thiếu Đế. Quý Ly xưng là Quốc tổ Chương hoàng đế, mặc áo màu bồ hoàng, ở cung Nhân thọ, lạm dụng nghi vệ của thiên tử, ra vào dùng đến 12 chiếc lọng vàng. Một số quan đại thần mưu loại trừ Quý Ly nhưng bất thành, bị Quý Ly trả thù, giết đến 370 người, trong số ấy có tướng Trần Khát Chân.
Vào năm 1400, Quý Ly phế Trần án và tự xưng làm vua thay cho nhà Trần. Nhà Trần chấm dứt sau 175 năm trị vì, trải qua 12 đời vua.
III. Kinh tế - Xã hội dưới đời Trần
Dưới thời Trần đã xuất hiện những sở hữu đất đai rất lớn, đó là những điền trang của quý tộc và quan lại. Nhà Trần khuyến khích việc khẩn hoang, đặt ra chức Đồn điền chánh sứ và phó sứ để phụ trách việc khẩn hoang. Vua Trần Thánh Tông chủ trương cho các vương hầu, công chúa, phò mã chiêu tập dân nghèo đi khai khẩn các vùng đất ven biển. Nhờ vậy mà những điền trang hoặc thái ấp rộng lớn đã xuất hiện. Như thái ấp của Trần Hưng Đạo ở Nam Định hoặc điền trang của nhà sư Pháp Loa, đệ nhị tổ phái thiền Trúc Lâm. Nhà sư này có đến khoảng 15.000 đệ tử, 1.000 tá điền và gần 2000 mẫu ruộng.
Công việc đê điều cũng được các vua đầu đời Trần chăm sóc, các chức Hà đê phó chánh sứ được đặt ra dưới triều vua Trần Thái Tông đã đưa công việc bảo vệ đê điều vào quy củ. Năm 1244, đê Đĩnh Nhĩ (đê Quai Vạc) được đắp dọc theo hai bên bờ sông Hồng, ngăn được nước lũ cho các đồn điền ven sông. Nhà Trần còn ra lệnh bồi thường cho nông dân nếu đê đắp lấn vào ruộng của dân. Hàng năm, vào tháng giêng quan Hà đê phải đốc thúc việc bồi đắp các đê đập cho đến mùa hè thì
phải xong. Vào mùa mưa lở, quan phải thân hành đi kiểm tra tình hình đê điều và khi hữu sự thì bất phân giàu nghèo, già trẻ ai ai đều phải tham gia việc bảo vệ đê. Công thương nghiệp đã có những bước phát triển mới. Kinh đô Thăng Long có vùng phụ cận, có chợ, có phố xá và các phường thủ công. Buôn bán được mở rộng trao đổi với nước ngoài. Hải cảng cho tàu buôn nước ngoài đến là Vân Đồn, các tàu buôn từ Trung Quốc và các nước Đông Nam á tấp nập ra vào thương cảng này. Trong cuộc chiến tranh chống Nguyên Mông, nền kinh tế nước nhà bị chựng lại. Kinh thành Thăng Long bị quân thù chiếm đóng ba lần. Nhiều công trình kiến trúc bị thiêu hủy, nhiều làng xóm bị phá hoại. Sau chiến tranh, nền kinh tế được phục hồi nhanh chóng. Kinh thành được xây dựng lại, chùa chiền mọc lên.