Việc quy định 2 phơng pháp tính thuế gây phức tạp cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT. Do vậy, trong thời gian tới cần sửa đổi phơng pháp tính thuế theo hớng một phơng pháp là phơng pháp khấu trừ thuế. Để có thể tiến đến áp dụng một phơng pháp tính thuế, cần thực hiện các biện pháp sau:
- Phân loại các hộ kinh doanh t nhân có quy mô nhỏ, thu nhập thấp đa ra khỏi diện phải nộp thuế GTGT. Quy định mức doanh số để xác định đối t- ợng là hộ kinh doanh nhỏ. Đối với đối tợng này chuyển sang áp dụng nộp thuế theo mức tỉ lệ % ấn định trên doanh thu.
- Thực hiện chế độ kế toán đối với các hộ kinh doanh có quy mô lớn để chuyển dần các đối tợng này sang áp dụng tính thuế GTGT theo phơng pháp khấu trừ thuế.
- Đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã bắt buộc thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ để làm căn cứ tính thuế theo phơng pháp khấu trừ.
Đến giai đoạn 2005 - 2010, việc tính thuế chỉ thực hiện một phơng pháp duy nhất là khấu trừ thuế.
Đối với việc sử dụng hoá đơn, Nhà nớc cần áp dụng các biện pháp sau: - Trong giai đoạn 2001 - 2005, các đối tợng nộp thuế theo phơng pháp khấu trừ phải sử dụng Hoá đơn GTGT. Đối với các hộ kinh doanh lớn tính thuế theo phơng pháp trực tiếp, các hộ kinh doanh nhỏ nộp thuế theo mức thuế ấn định thì sử dụng Hoá đơn bán hàng không ghi thuế GTGT. Đến cuối giai đoạn này, khi các hộ kinh doanh lớn đã chuyển sang thực hiện chế độ kế toán và tính thuế theo phơng pháp khấu trừ cũng phải sử dụng Hoá đơn GTGT. Đồng thời, Nhà nớc cần quy định doanh nghiệp tự phát hành hoá đơn vào cuối giai đoạn này.
- Đối với việc sử dụng hoá đơn tự in, Nhà nớc cần quy định thống nhất các nội dung trên tờ hoá đơn và nghiêm cấm không khấu trừ các hoá đơn không đúng theo mẫu quy định. Đối với các doanh nghiệp cho lu hành các hoá đơn không đủ yếu tố theo quy định, Nhà nớc cần có quy định phạt tiền với mức độ nặng, đủ răn đe. Các doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm về việc quản lý hoá đơn do mình phát hành. Nhà nớc cũng quy định trách nhiệm của doanh nghiệp khi làm mất hoá đơn và trách nhiệm của công ty in hoá đơn trong việc chống làm giả hoá đơn. Đặc biệt, đối với các hành vi làm giả hoá đơn, mua bán hoá đơn, Nhà nớc cần đa vào khung hình phạt của Bộ Luật Hình sự.
Giải quyết các vấn đề liên quan đến hoá đơn, theo tác giả cần đa ra những quy định xử lý cụ thể. Đây chính là cái thiếu hiện nay của các quy định của pháp luật. Khi đã đợc quy định cụ thể, rõ ràng, hiện tợng thông đồng giữa các doanh nghiệp với nhau mua bán hoá đơn nhng báo mất, ghi liên 1 khác liên 2 để trốn thuế, khấu trừ thuế sẽ đợc nghiêm trị, tạo ra sự trong lành cho môi trờng kinh tế.