Việc xây dựng đợc một hệ thống thông tin hoàn chỉnh, sẽ là một công cụ đắc lực trong kiểm soát nguồn thu NSNN, đặc biệt là nguồn thu thuế GTGT.
Thực hiện kiểm soát thu thuế GTGT từ việc kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế và Kho bạc Nhà nớc đến việc mua, bán hoá đơn, sử dụng hoá đơn giả... đã cho thấy rằng kiểm soát thu thuế GTGT chỉ đợc thực hiện tốt trên cơ sở hạ tầng là một hệ thống thông tin hoàn chỉnh giữa Cơ quan Thuế, Kho bạc và doanh nghiệp, giữa các Cục Thuế địa phơng với nhau. Do vậy, một yêu cầu bức xúc đối với kiểm soát thu thuế GTGT là phải hoàn thiện lại hệ thống thông tin này.
Mục tiêu xây dựng hệ thống thông tin kiểm soát thu thuế bao gồm các yêu cầu sau:
- Phát hiện nhanh chóng, kịp thời và chính xác các hiện tợng trốn thuế, tính và kê khai không đúng tiền thuế, nộp thuế thiếu vào Kho bạc và các vi phạm trong việc sử dụng hoá đơn.
- Tính phạt tự động số tiền thuế chậm nộp, số tiền thuế nộp thiếu và các vi phạm Luật Thuế GTGT khác.
- Tổng hợp thông tin về tình hình thu thuế hàng ngày, hàng tháng lên Cục Thuế, Tổng Cục Thuế.
- Thực hiện trang bị máy tính và nối mạng toàn ngành Thuế, nối mạng giữa các Cục Thuế địa phơng và Kho bạc tỉnh, thành phố. Việc nối mạng máy tính toàn ngành Thuế sẽ làm cho quá trình xác minh các hoạt động của doanh nghiệp, xác minh hoá đơn chính xác và kịp thời hơn hiện nay. Mặt khác, do cơ chế nộp thuế gồm kê khai và nộp thuế ngay tại Kho bạc nên việc nối mạng giữa Cơ quan Thuế và Kho bạc sẽ giúp cho Cơ quan Thuế nắm bắt đợc tình hình nộp thuế của các doanh nghiệp, phát hiện những hiện tợng vi phạm Luật thuế một cách nhanh chóng.
- Thực hiện trang bị chơng trình thuế trên máy vi tính cho các doanh nghiệp để các doanh nghiệp kê khai thuế, số hoá đơn đầu ra, đầu vào. Hàng tháng, doanh nghiệp gửi file dữ liệu cho Cơ quan Thuế xử lý. Quá trình xử lý thông tin trên nhiều doanh nghiệp khác nhau sẽ làm cho quá trình xác minh hoá đơn trở nên đơn giản, thuận tiện.
Ngoài ra, để hoàn chỉnh hệ thống thông tin kiểm soát thu thuế, Cơ quan Thuế cũng cần nối mạng với các cơ quan quản lý doanh nghiệp khác nh Sở Kế hoạch và Đầu t, Cục Thống kê để quản lý số lợng doanh nghiệp, cấp mã số thuế cho các doanh nghiệp, từ đó tiến tới một hệ thống thông tin quản lý doanh nghiệp chung trên địa bàn và toàn quốc.