Bên cạnh những thành tựu đạt được, các DNTM nước ta còn những hạn chế, chưa đạt được hiệu quả kinh tế cao trong việc lưu thông hàng hóa. Nghị quyết Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ IX của Đảng cũng chỉ ra những thiếu sót và khuyết điểm làm phát sinh những vấn đề phức tạp mới, cần có chủ trương và biện pháp giải quyết đúng đắn nhằm đảm bảo định hướng cho sự phát triển.
Những tồn tại đó là: "Nạn buôn lậu, làm hàng giả, gian lận thương mại làm mất ổn định thị trường, gây thiệt hại lớn cho các DNTM, lĩnh vực xuất khẩu có những hạn chế về tạo nguồn hàng, chất lượng, sức cạnh tranh, xuất khẩu hàng nông sản thô, nguyên liệu thô còn chiếm tỷ trọng lớn, nhiều mặt hàng còn phải xuất khẩu qua trung gian hoặc chỉ gia công nên hiệu quả kinh tế thấp.
Vì vậy phát triển thị trường hàng hóa sẽ nâng cao hiệu quả kinh doanh cho các doanh nghiệp thương mại. Mục tiêu trong thời gian tới là nâng cao sức cạnh tranh của hàng hóa, tạo nguồn hàng đầy đủ, kịp thời cho DNTM, hạn chế buôn lậu, gian lận thương mại đảm bảo cho các DNTM có thị trường ổn định, hướng vào thị trường nội địa, mở rộng thị trường nước ngoài. Đây là vấn đề có ý nghĩa rất quan trọng đối với DNTM. Bởi vì thị trường hàng hóa vừa là môi trường hoạt động và là mục tiêu của DNTM.
Nhà nước có chính sách hỗ trợ, tạo mọi điều kiện cho các DNTM phát triển kinh doanh hàng hóa ở vùng sâu, vùng xa và hải đảo cũng không ngoài mục đích bảo đảm hiệu quả kinh doanh cho các DNTM.
Khi chuyển sang nền kinh tế thị trường, các DNTM phải đối mặt với nhiều rủi ro, tổn thất. Phát triển thị trường kết hợp với nhiều biện pháp hạn chế nguy cơ rủi ro, tổn thất trên thị trường nhằm cải thiện môi trường kinh doanh, chủ động tìm kiếm giảm nhẹ chi phí, nâng cao hiệu quả kinh doanh và duy trì sự phát triển bền vững.