Qua phần xây dựng mô hình và mô phỏng trong chương 4 và 5, khi dịch bệnh lan truyền thì ta xét trên hai cấp ñộ ñó là sự lan truyền giữa các ao (có thể do theo nước, theo sự di chuyển của chim hay sinh vật ăn xác ĐVTS bệnh chết) và sự lan truyền cục bộ trong cùng một ao. Hai trường hợp này ñã thực sự khái quát ñầy ñủ việc lan truyền bệnh trong thực tế. Vì thế trong phần thực nghiệm này hai kịch bản mô phỏng chính sẽ ñược ñưa ra ñể minh họa hệ thống ñã xây dựng. Ngoài ra, hai kịch bản chính này sẽ ñược thay ñổi ñể có thêm các kịch bản phụ nhằm minh họa vấn ñề một cách chi tiết nhất.
Mô phỏng sự lan truyền bệnh trên diện rộng (kịch bản 1): gồm có sự lan truyền bệnh theo nguồn nước giữa sông và ao, và lan truyền do sự di chuyển của sinh vật ăn thịt ĐVTS. Kịch bản này ñược chọn vì nó có thể ñưa ra một cái nhìn tổng quan cho vấn ñề lan truyền bệnh. Khi một ao nuôi bị bệnh, các ao còn lại trong vùng có cùng nguồn nước cấp vào với ao bị bệnh sẽ có nguy cơ như thế nào, ñặc biệt là các ao xung quanh ao bị bệnh. Quan sát tình hình bệnh tại một thời ñiểm và dự báo bước tiếp theo bệnh sẽ lan truyền ra sao.
Mô phỏng sự lan truyền bệnh trong một ao (kịch bản 2): kịch bản này thể hiện tính cấp bách của vấn ñề lan truyền bệnh. Trong một diện tích nhỏ của kịch bản này người dùng có thể quan sát chi tiết diễn biến sự lan truyền bệnh giữa các cá thể cá, giữa mầm bệnh và cá. Đồng thời thấy rõ sự ảnh hưởng khi thay ñổi một vài yếu tố ví dụ như nhiệt ñộ, mật ñộ nuôi, dùng thuốc chữa bệnh cho cá,...