Sau khi xử lý sinh học đặc biệt lă qua câc thiết bị lọc của hệ thống xử lý phần lớn câc vi khuẩn trong nước thải bị tiíu diệt .Khi xử lý trong câc cơng trình sinh học nhđn tạo (Aerophin hay Aerotank ) số lượng vi khuẩn giảm xuống cịn 5%, trong hồ sinh vật hoặc cânh đồng lọc cị 1-2%. Nhưng để tiíu diệt toăn bộ vi khuẩn gđy bệnh, nước thải cần phải khử trùng bằng chlor hô, Ozon hô, điện phđn, tia cực tím…
Phương phâp phổ biến nhất hiện nay lă phương phâp Chlor hô
Chlor cho văo nước thải dưới dạng hơi hoặc Clorua vơi. Lượng Clor hoạt tính cần thiết cho một đơn vị thể tích nước thải lă: 10 g/m3 đối với nước thải sau xử lý cơ học, 5 g/m3 sau xử lý sinh học hoăn toăn . Clor phải được trộn đều với nước vă để đảm bảo hiệu quả khử trùng ,thời gian tiếp xúc giữa nước
vă hô chất lă 30 phút trước khi nước thải ra nguồn. Hệ thống Clor hô nước thải Clor hơi bao gồm thiết bị Clorato , mâng trộn vă bể tiếp xúc. Clorato phục vụ cho mục đích chuyển Clor hơi thănh dung dịch Clor trước khi hoă trộn với nước thải vă được chia thănh 2 nhĩm: nhĩm chđn khơng vă nhĩm âp lực. Clor hơi được vận chuyển về trạm xử lý nước thải dưới dạng hơi nĩn trong banlon chịu âp. Trong trạm xử lý cần phải cĩ kho cất giữ câc banlon năy. Phương phâp dùng Clor hơi ít được dùng phổ biến.
Phương phâp khử trùng nước thải bằng Clorua vơi
Aùp dụng cho trạm nước thải cĩ cơng suất dưới 1000 m3/ngđ. Câc cơng trình vă thiết bị dùng trong dđy chuyền năy lă câc thùng hoă trộn, chuẩn bị dung dịch Clorua vơi, thiết bị định lượng mâng trộn vă bể tiếp xúc. Với Clorua vơi được hoă trộn sơ bộ tại thùng hoă trộn cho đến dung dịch 10 -15% sau đĩ chuyển qua thùng dung dịch. Bơm định lượng sẽ đưa dung dịch Clorua vơi với liều lượng nhất định đi hoă trộn văo nước thải . Trong câc thùng trộn dung dịch, Clorua vơi được khuấy trộn với nước cấp bằng câc cânh khuấy gắn với trục động cơ điện.
Phương phâp Ozon hô
Ozon hô tâc động mạnh mẽ với câc chất không vă chất hữu cơ, oxy hô bằng Ozon cho phĩp đồng thời khử mău, khử mùi, tiệt trùng của nước. Bằng Ozon hô cĩ thể xử lý phenol, sản phẩm dầu mỏ, H2S, câc hợp chất Asen, thuốc nhuộm … Sau quâ trình Ozon hô số lượng vi khuẩn bị tiíu diệt đến hơn 99%. Ngoăi ra, Ozon cịn oxy hô câc hợp chất Nito, Photpho… Nhược điểm chính của phương phâp năy lă giâ thănh cao vă thường được ứng dụng rộng rêi trong xử lý nước cấp.