Trung tâm được các Bộ,ngành giao nhiệm vụ thực hiện một số đề tài,dự án chuyên về nấm như:
- Dự án : “ Phát triển giống nấm chất lượng cao” trong chương trình giống quốc gia giai đoạn 1 (2002- 2005).Giai đoạn 2 (2006-2010).Hiện nay đang thực hiện tiếp giai đoạn 3 (2011-
2015) đầu tư cơ sở hạ tầng và các trang thiết bị nhân giống,nuôi trồng,chế biến nấm tại xã Liên Nghĩa - huyện Văn Giang- tỉnh Hưng Yên ( diện tích sử dụng gần 3 ha).
- Dự án “ phát triển sản xuất nấm qui mô hộ gia đình” do Chính Phủ Hoa Kỳ tài trợ giai đoạn 1 (2003-2005) và giai đoạn 2 (2006-2007)
- Chương trình khuyến nông của Bộ Nông nghiệp &PTNT tháng 10 năm 2006 là đơn vị đăng cai đào tạo kĩ thuật nuôi trồng nấm cho các nước ASEAN.
- Năm 2008 chủ trì thực hiện dự án sản xuất thử nghiệm(P) “ hoàn thiện công nghệ sản xuất theo hướng công nghiệp một số loại nấm ăn có giá trị cao phục vụ nội tiêu và xuất khẩu”.
- Năm 2008-2010 chủ trì thực hiện đề tài : “ Nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ nhân giống và nuôi trồng nấm cao cấp ( nấm ngọc châm,nấm chân dài)”.
- Năm 2011-2013 chủ trì thực hiện đề tài cấp nhà nước “ Nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ nhân giống nấm dạng dung dịch”
Kết quả các đề tài,dự án do Trung tâm thực hiện trong 10 năm qua đã chọn tạo được 16 giống nấm ăn và nấm dược liệu,15 quy trình công nghệ phổ biến trên phạm vi cả nước.Lựa chọn và chế tạo nhiều thiết bị như: thiết bị khử trùng,hệ thống nhà lạnh,hệ thống tưới nước,máy đảo trộn nguyên liệu,máy đóng bịch,lò sấy nấm,các dụng cụ chuyên dụng và xây dựng các mẫu nhà xưởng phục vụ nhu cầu phát triển nấm của các địa phương.