Hiện nay Việt Nam thực hiện hai hình thức thông quan đó là thông quan truyền thống và thông quan điện tử. Do tiến hành thông quan điện tử yêu cầu doanh nghiệp phải đáp ứng một số điều kiện và hình thức thông quan này vẫn đang trong quá trình hoàn thiện, còn một số hạn chế như vấn đề kỹ thuật, việc lưu trữ các giấy tờ, hóa đơn.Công ty Phượng Hoàng tiến hành thông quan theo hình thức truyền thống, việc thông quan của công ty được thực hiện như sau:
Hàng hóa của công ty được nhập khẩu về cảng biển Hải Phòng hoặc kho hàng bên Gia Lâm.
Công ty Phượng Hoàng tiến hành thông quan qua một trong hai hình thức sau:
+ Mở tờ khai trực tiếp tại Hải Phòng cho hải quan kiểm tra.
+ Mở tờ khai chuyển tiếp (hàng về Hải Phòng, mở tờ khai ở Hà Nội sau đó chuyển tiếp xuống Hải Phòng và đưa hàng về Hà Nội để kiểm hoá).
Khi tàu nhập cảng Công ty Phượng Hoàng tiến hành làm các thủ tục hải quan để trong khoảng thời gian ngắn nhất có thể đưa hàng về kho. Giấy tờ cần thiết hoàn tất thủ tục hải quan gồm: tờ khai hải quan có dấu của Công ty, gửi cùng bộ chứng từ gồm có giấy phép nhập khẩu, hợp đồng ngoại, hoá đơn, vận đơn giao hàng của hãng vận tải, phiếu đóng gói, bảng kê chi tiết hàng hóa để làm thủ tục nhận hàng.
Sau khi hoàn thành thủ tục hải quan Công ty Phượng Hoàng nhận được thông báo đóng thuế, Công ty luôn có ý thức hoàn thành nghĩa vụ đóng thuế đúng thời hạn để tránh tình trạng bị phạt do chậm nộp thuế. Sau khi hoàn tất thủ tục hải quan và nhận được hàng Công ty sẽ vận chuyển hàng về kho tại Hà Nội tiến hành các công việc cần thiết như đóng gói , dán nhãn, kiểm tra chất lượng rồi chờ tiêu thụ.