Sau một thời gian kể từ khi loại hình NHTMCP ra đời năm 1990, hoạt động của các NHTMCP đã bộc lộ nhiều yếu kém. Khủng hoảng tài chính năm 1997-1998 gây chấn động hệ thống ngân hàng trong khu vực, đồng thời cho thấy nguy cơ tiềm ẩn của sự suy sụp đối với hệ thống ngân hàng trong nớc. Việc chấn chỉnh, củng cố hệ thống ngân hàng nớc ta đợc đặt ra, trớc tiên là đối với hệ thống các ngân hàng TMCP đang rất mạnh về số lợng nhng yếu về chất lợng.
Trớc tình hình đó, NHNN đã lập đề án trình Chính phủ về việc củng cố sắp xếp các NHTMCP và đã đợc Chính phủ phê duyệt. NHNN đã chủ động phối hợp chặt chẽ với UBND các tỉnh, thành phố có NHTMCP trên địa bàn, trớc tiên là Thành phố Hồ Chí Minh để triển khai thực hiện đề án này. Nội dung chủ yếu của đề án này nhằm cơ cấu lại các NHTMCP cả về quy mô và chất lợng. Trọng tâm là : tăng vốn điều lệ, làm sạch bảng cân dối, áp dụng các biện pháp ngăn ngừa nợ xấu phát sinh, tổ chức lại bộ máy, hiện đại hóa công nghệ đảm bảo hoạt
động kinh doanh an toàn, hiệu quả.
NHNN đã xem xét đặt một số NHTMCP vào tình trạng kiểm soát đặc biệt và sử dụng các biện pháp cần thiết để ổn định tình hình nh củng cố bộ máy nhân sự, lãnh đạo Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, Tổng Giám đốc; đồng thời NHNN yêu cầu các NHTMCP tăng vốn điều lệ theo quy định; thực hiện sáp nhập, hợp nhất và mua lại một số NHTMCP; thu hồi giấy phép hoạt động đối với những ngân hàng yếu kém. Để tăng cờng giám sát quản lý đối với các NHTMCP, NHNN đã chỉ đạo các NHTMQD góp vốn và cử ngời tham gia quản trị, kiểm soát đối với các NHTMCP. Việc xử lý đối với các NHTMCP luôn quán triệt nguyên tắc chung là đảm bảo sự an toàn chung cho toàn hệ thống, ổn định kinh tế xã hội, bảo vệ lợi ích hợp pháp của ngời gửi tiền, đồng thời xử lý nghiêm những trờng hợp sai phạm.
Nhìn chung công tác thực hiện đề án củng cố sắp xếp lại các NHTMCP đã đạt đợc một số kết quả tích cực, nhờ đó chặn đứng đợc nguy cơ đổ vỡ hệ thống, giảm đến mức thấp nhất những ảnh hởng tiêu cực đối với nền kinh tế.