Do Việt Nam có diện tích trải dài nên các khu vực không tập trung vì vậy KTNN đã xây dựng mạng lưới kiểm toán ở từng khu vực. Hiện nay, cơ quan KTNN đã triển khai và thiết lập được mạng lưới KTNN khu vực rộng khắp toàn quốc, bao gồm: KTNN khu vực I (Hà Nội), KTNN khu vực II (Nghệ An), KTNN khu vực III (Đà Nẵng), KTNN khu vực IV (Thành phố Hồ Chí Minh), KTNN khu vực V (Cần Thơ), KTNN khu vực VI (Quảng Ninh), KTNN khu vực VII (Yên Bái), KTNN khu vực VIII (Nha Trang), KTNN khu vực IX ( Mỹ Tho).
Nhiệm vụ và quyền hạn của Kiểm toán nhà nước khu vực được quy định cụ thể tại quyết định số 604/QĐ-KTNN ngày 02/08/2006 của Tổng Kiểm toán nhà nước.
Theo quy định của Luật KTNN, điều 23 có viết:” KTNN khu vực là đơn vị trực thuộc KTNN, thực hiện kiểm toán đối với cơ quan, tổ chức ở địa phương trên địa bàn khu vực và các nhiệm vụ kiểm toán khác theo sự phân công của Tổng KTNN. KTNN khu vực có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản và trụ sở riêng. Mọi hoạt động của KTNN khu vực phải tuân theo kế hoạch, sự chỉ đạo của Tổng KTNN; trong khi đó tình hình thực tế địa phương như thế nào thì không có gì đảm bảo Tổng KTNN đã nắm bắt được chính xác
và khách quan. Vì vậy đôi khi những kế hoạch kiểm toán của KTNN khu vực chưa đi vào những vấn đề nổi cộm, có dấu hiệu tiêu cực, gây bức xúc đối với nhân dân. Ngoài ra, mối quan hệ giữa KTNN khu vực với các địa phương trực thuộc chưa hẳn đã độc lập nên cũng làm cho hoạt động kiểm toán mang lại hiệu qủa như mong muốn.