KTNN chuyên ngành I: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán báo cáo tài chính đối với các cơ quan, đơn vị hoạt động trong lĩnh vực quốc phòng, an ninh thuộc phạm vi, thẩm quyền kiểm toán của KTNN và theo nội dung kiểm toán được quy định tại Nghị quyết số 1011/2006/NQ-UBTVQH11 ngày 30/3/2006 của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội khoá 11 về kiểm toán theo quy trình riêng đối với một số hoạt động thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh (sau đây gọi tắt là Nghị quyết số 1011/2006/NQ-UBTVQH11); kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động đối với một số lĩnh vực khác theo sự phân công của Tổng KTNN.
KTNN chuyên ngành II: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các cơ quan trung ương khác (sau đây gọi tắt là các bộ, ngành trung ương) thuộc khối tổng hợp, kinh tế và nội chính; kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước hàng năm.
KTNN chuyên ngành III: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các cơ quan trung ương khác (sau đây gọi tắt là các bộ, ngành trung ương) thuộc khối khoa học – công nghệ, giáo dục - đào tạo, y tế, văn hoá - xã hội, thể dục, thể thao, thông tin - tuyên truyền; khối tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức chính trị - xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội - nghề nghiệp có
sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước; các hội, liên hiệp hội, tổng hội và các tổ chức khác được ngân sách nhà nước hỗ trợ một phần kinh phí.
KTNN chuyên ngành IV: là đơn vị trực KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện các nhiệm vụ sau đây:
* Kiểm toán báo cáo quyết toán vốn đầu tư, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước ở các công trình, dự án đầu tư của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ (sau đây gọi tắt là các bộ, ngành trung ương) có chức năng quản lý ngành, lĩnh vực: giao thông - vận tải, công nghiệp, bưu chính - viễn thông, thương mại, du lịch hoặc do các đơn vị thuộc các bộ, ngành trung ương kể trên trực tiếp quản lý làm chủ đầu tư;
* Kiểm toán các chương trình mục tiêu quốc gia thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị;
* Kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các doanh nghiệp nhà nước hoạt động chủ yếu trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản do các bộ, ngành trung ương kể trên trực tiếp quản lý;
* Chuẩn bị ý kiến của KTNN về các dự án, công trình quan trọng quốc gia thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị để Tổng KTNN trình Quốc hội.
KTNN chuyên ngành V: Là đơn vị KTNN chuyên ngành thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán các công trình, dự án đầu tư do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ có chức năng quản lý ngành, lĩnh vực: nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, xây dựng, thông tin, tuyên truyền, y tế, giáo dục, văn hóa – xã hội, thể dục – thể thao, khoa học – công nghệ, tài nguyên – môi trường là chủ đầu tư học các đơn vị do các cơ quan nhà nước kể trên quản lý là chủ đầu tư; thẩm định dự án, công trình quan trọng quốc gia là do Quốc hội quyết định thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị; chủ trì kiểm toán các chương trình mục tiêu quốc gia và các khoản vay nợ, viện trợ Chính phủ thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị.
tài chính của các DNNN do Thủ tướng Chính phủ thành lập và các DNNN do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các cơ quan khác ở trung ương (sau đây gọi tắt là các bộ, ngành trung ương) là đại diện chủ sở hữu vốn tại doanh nghiệp (trừ các doanh nghiệp nhà nước hoạt động trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản, tài chính, tín dụng, bảo hiểm, dịch vụ tư vấn tài chính – kế toán - kiểm toán do các bộ, ngành trung ương trực tiếp quản lý).
KTNN chuyên ngành VII: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của báo cáo quyết toán ngân sách, báo cáo tài chính của Ngân hàng Nhà nước, các quỹ tài chính tập trung của Nhà nước, các tổ chức tài chính, tín dụng, các DNNN hoạt động trong lĩnh vực tài chính, tín dụng, bảo hiểm, dịch vụ tư vấn tài chính – kế toán - kiểm toán.