Thời gian qua, tình hình tổ chức và phân công thực hiện nghiệp vụ TTQT trong hệ thống NHNTVN cha thống nhất giữa các chi nhánh. Ban lãnh đạo NHNTVN giao quyền cho giám đốc các chi nhánh tuỳ theo tình hình thực tế tại địa bàn mà giao nhiệm vụ cho cán bộ. Tại hội sở chính và chi nhánh Hồ Chí Minh đợc chuyên môn hoá theo từng mảng nghiệp vụ, mỗi mảng nghiệp vụ là một phòng độc lập nh: Phòng thanh toán xuất, phòng thanh toán nhập, phòng hối đoái, phòng phi mậu dịch, phòng chuyển tiền, phòng thẻ…..Một số chi nhánh có phòng Thanh toán Quốc tế thực hiện toàn bộ các mặt nghiệp vụ liên quan hoạt động đối ngoại gồm: Quan hệ đại lý, thanh toán xuất, thanh toán nhập, thanh toán phi mậu dịch, thanh toán thẻ nh chi nhánh Vũng Tàu, An Giang….. Một số chi nhánh có phòng Thanh toán Quốc tế chỉ thực hiện các nghiệp vụ liên quan thanh toán xuất nhập khẩu hàng hoá, còn các nghiệp vụ thanh toán phi mậu dịch và thanh toán thẻ đợc đặt tại phòng Phi mậu dịch hoặc phòng Kinh doanh dịch vụ nh chi nhánh Cần Thơ, Đà Nẵng, Hà Nội……. còn lại đa số các chi nhánh có nghiệp vụ TTQT đặt tại phòng kế toán. Hiện nay, theo đề án mô hình ngân hàng bán lẻ, một số chi nhánh đang cơ cấu lại chức năng nhiệm vụ của các phòng cho phù hợp mô hình mới nhng cha có sự thống nhất trong toàn hệ thống. Tuy nhiên, dù cơ cấu tổ chức nh thế nào, từ hội sở chính đến các chi nhánh phải thực hiện nghiệp vụ TTQT theo đúng thông lệ quốc tế của từng nghiệp vụ cụ thể, phải tuân thủ theo quy trình thống nhất mà ban lãnh đạo NHNT đã ban hành