Nhiều khi tác động về mặt tài chính của bản thân thuế đối kháng đối với nhà xuất khẩu của nớc tiến hành trợ cấp là không đáng kể, nhng sự không chắc chắn, bất ổn định, chi phí về pháp luật và các chậm trễ liên quan đến quá trình thủ tục điều tra về trợ cấp lại có tác động tiêu cực rất lớn gây cản trở đáng kể đến hoạt động xuất nhập khẩu và có thể đợc sử dụng một cách tinh vi làm một rào cản thơng mại đợc ngụy trang khéo léo.
*) Phải xác định nhanh khi quyết định đánh thuế đối kháng.
Một số trờng hợp đòi hỏi phải xác định nhanh sự tồn tại của trợ cấp, mức độ, tác hại để đánh thuế đối kháng nhằm hạn chế hoặc vô hiệu hóa kịp thời ảnh hởng tiêu cực của trợ cấp, bảo vệ nền sản xuất trong nớc.
*)Thuế đối kháng không phải tối u trong mọi tr ờng hợp.
Một số hàng hóa nhập khẩu đợc trợ cấp thực chất đem lại lợi ích cho ngời tiêu dùng ở nớc nhập khẩu nên không phải lúc nào cũng cần sử dụng thuế đối kháng.
Nhiều khi, đòi hỏi nớc khác rút bỏ trợ cấp gây bóp méo thơng mại quan trọng hơn và cần thiết hơn việc khắc phục tác động tiêu cực của trợ cấp. Thuế đối kháng chỉ có tác dụng triệt tiêu tác hại của trợ cấp liên quan tới sản phẩm cụ thể và không đợc vợt mức giá trị trợ cấp đối với sản phẩm nhập khẩu đợc trợ cấp, nhng thờng không đủ khả năng buộc nớc khác không đợc tiếp tục áp dụng trợ cấp, đặc biệt nếu chơng trình trợ cấp liên quan đến diện đối tợng rộng, nhiều ngành, nhiều mặt hàng.
Ngoài ra, thờng việc đánh thuế đối kháng tỏ ra không hiệu quả trong tr- ờng hợp trợ cấp đợc nớc khác áp dụng nhằm chiếm lĩnh thị trờng ở nớc thứ ba. Đối với thiệt hại do suy giảm khả năng cạnh tranh trên thị trờng nớc thứ ba dẫn đến mất thị phần thì thuế đối kháng không đợc áp dụng và do đó, tác hại của trợ cấp chỉ có thể đợc giải quyết thông qua sử dụng cơ chế giải quyết tranh chấp đa phơng của WTO.
Đối phó bằng thuế đối kháng có thể tự mình hại mình khi nớc nhập khẩu quá nhỏ hoặc quá yếu trong tơng quan kinh tế - thơng mại với nớc trợ cấp, hoặc nớc trợ cấp là nguồn cung các sản phẩm thiết yếu cho nớc nhập khẩu.