Thứ nhất, Việt Nam vẫn đang ở trong giai đoạn phát triển toàn diện và chuyển sang nền kinh tế thị trường có sự điều tiết của Nhà nước. Do đó nền kinh tế còn có nhiều khó khăn, bất ổn và dễ chịu những tác động từ bên ngoài. Nền kinh tế thị trường còn chưa được định hình một cách rõ ràng, các hoạt động kinh tế còn gặp phải nhiều khó khăn, thách thức, đồng thời còn phải đương đầu với nhiều rủi ro, bất ổn trong quá trình hội nhập và phát triển hiện tại. Đây chính là cội nguồn của các nguyên nhân ảnh hưởng đến công tác thẩm định tài chính dự án tại các NHTM.
Thứ hai, Hệ thống thông tin trong nền kinh tế, giúp cho công tác thẩm định tài chính dự án còn thiếu, không có hệ thống, thiếu tính cập nhật và độ chính xác cần thiết . Đó là những yếu tố hết sức cần thiết trong công tác thẩm định dự án. Các ngân hàng vẫn phải dựa vào các nguồn thông tin từ phía khách hàng là chủ yếu mà đa số các nguồn thông tin đó thiếu tính khách quan , Cán bộ thẩm định còn gặp nhiều khó khăn trong việc thẩm định lại tính chuẩn xác của các nguồn thông tin đó. Từ đó dẫn đến nội dung và phương pháp thẩm định tài chính dự án bị thiếu hụt rất nhiều, tạo nên xu hướng đơn giản hoá trong việc phân tích, đánh giá, tính toán các chỉ tiêu tài
chính của dự án. Làm cho công tác thẩm định không phản ánh hết tính chân thực của dự án, gây nhiều bất lợi về phía ngân hàng trong tương lai.
Thứ ba, Việc lập dự án thiếu tính chính xác, thiếu các căn cứ khoa học của chủ đầu tư , dẫn đến công tác thẩm định gặp không ít khó khăn để có thể đánh giá một cách chính xác nhất các dự án đó. Một số các chủ đầu tư khi lập dự án thường chỉ tập trung vào một số những nội dung chính mang tính nghiên cứu chủ đạo, thiếu sự hợp lý cần thiết . Điều này một phần là do sự thiếu hụt về thông tin và sự hiểu biết, cũng như trình độ còn hạn chế của các cán bộ quản lý ở các doanh nghiệp. Hạn chế này cũng là một nguyên nhân khách quan tác động đến quá trình hoàn thiện công tác th tài chính dự án của ngân hàng.
Thứ tư, tình hình thị trường giá cả nói chung, thị trường tiền tệ nói riêng tuy đã có sự ổn định tương đối nhưng vẫn còn không ít khó khăn,và còn nhiều bất ổn đã gây ảnh hưởng xấu đến công tác thẩm định tài chính dự án đầu tư. Do quy trình thẩm định vẫn không đề cập đến được giá trị của đồng tiền qua các thời kỳ. Thêm vào đó, các hình thức của thị trường tài chính vẫn chưa phát triển đầy đủ ở nước ta, tâm lý và thói quen đầu tư chưa hình thành rõ nét, chưa có sự quan tâm đúng mức tới các yếu tố tác động tới quy mô dòng tiền của doanh nghiệp. Do đó, việc thẩm định tài chính dự án vẫn chưa có được một căn bản hoàn hảo để phát triển và hoàn thiện được.
Thứ năm, môi trường pháp lý trong hoạt động tín dụng ngân hàng còn nhiều bất cập. Một số cơ chế chính sách, các quy định - nghị định, các văn bản chế độ luật của ngân hàng còn nhiều kẽ hở dễ bị khai thác trong quá trình thực hiện các mối quan hệ tín dụng của doanh nghiệp với ngân hàng. Hơn nữa, việc thường xuyên thay đổi của các chính sách như hiện nay cũng làm cho ngân hàng khó có thể đưa ra những nhận xét chính xác trong tương lai. Điều này gây ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả của công tác thẩm định tài chính dự án. Công tác thẩm định tại các NHTM vẫn chưa có được một môi trường pháp lý vững chắc để phát triển và hoàn thiện