Trong giai đoạn này, cơ chế quản lý NSNN được thực hiện theo tinh thần Nghị định 168/CP của Hội đồng Chính phủ được ban hành từ năm 1961 – thời kỳ quản lý kinh tế theo cơ chế kế hoạch hố tập trung, bao cấp. Do đĩ cơng tác kiểm sốt chi tiêu cơng chưa được chú trọng và cịn nhiều bất cập:
- KBNN thực hiện việc xuất quỹ NSNN theo lệnh cấp phát của cơ quan Tài chính, đơn vị thụ hưởng thực hiện việc chi tiêu. Do đĩ, thực chất việc cấp phát qua KBNN là xuất quỹ NSNN. Việc kiểm tra, kiểm sốt chứng từ chi tiêu của KBNN rất hạn chế (gần như khơng thực hiện), đặc biệt đối với những khoản chi mua sắm trang thiết bị, sửa chữa lớn, sửa chữa thường xuyên của các đơn vị thụ hưởng khơng được kiểm tra, kiểm sốt chặt chẽ. Hơn nữa trong thời kỳ này chưa cĩ cơ chế đấu thầu nên trình trạng sử dụng NSNN cịn lãng phí và thất thốt nhiều.
- Trách nhiệm, quyền hạn của cơ quan tài chính, KBNN, các Bộ, ngành, đơn vị thụ hưởng NSNN chưa được phân định cụ thể, rõ ràng, cịn chồng chéo, song lại bị phân tán, chia cắt ở nhiều đầu mối (KBNN, Cơ quan tài chính, Ngân hàng đầu tư phát triển, cơ quan lao động và thương binh xã hội…)
- Việc cấp phát NSNN bằng lệnh chi tiền được sử dụng khá phổ biến ở các cấp ngân sách, đặc biệt là ngân sách địa phương. Trong trường hợp này, tiền của NSNN được chuyển thẳng vào tài khoản tiền gởi của đơn vị dự tốn, làm tồn quỹ NSNN giảm đi, trong khi đĩ đơn vị lại chưa sử dụng ngay số tiền được cấp đĩ. Điều này một mặt gây căng thẳng giả tạo cho quỹ NSNN; mặt khác, KBNN rất khĩ kiểm tra, kiểm sốt quá trình chi tiêu của đơn vị dự tốn.
Chính phủ đã cĩ nhiều biện pháp để cải thiện tình hình quản lý tài chính nĩi chung và quản lý NSNN nĩi riêng như: thành lập cơ quan bảo hiểm xã hội, thành lập hệ thống đầu tư phát triển trực thuộc Bộ tài chính… đặc biệt, Thủ tướng đã cĩ quyết định 861/TTg ngày 30/12/1995 nhấn mạnh vai trị kiểm sốt chi NSNN qua KBNN. Bộ Tài chính tổ chức thực hiện thí điểm cơng tác kiểm sốt chi lương hưu và bảo hiểm xã hội tại KBNN Nam Hà (cũ) và khảo sát kinh nghiệm chi NSNN ở một số nước trên thế giới; đồng thời Bộ Tài chính đã ban hành quy chế đấu thầu mua sắm đồ dùng, trang thiết bị, phương tiện làm việc đối với các cơ quan nhà nước, lực lượng vũ trang, đồn thể và các doanh nghiệp nhà nước … Thơng qua đĩ, cơng tác quản lý NSNN nĩi chung và kiểm sốt chi NSNN nĩi riêng đã từng bước được cải thiện.