Rủi ro này phát sinh trong việc xử lý giao dịch, thực hiện quy trình nghiệp vụ hàng ngày của nhân viên ngân hàng. Trong những năm qua, khi hoạt động kinh doanh thẻ phát triển, khối lượng giao dịch tăng cao thì các trường hợp rủi ro do lỗi tác nghiệp của nhân viên ngân hàng xảy ra khá phổ
biến. Những sự cố về nghiệp vụ phát sinh phát sinh trên tất cả các khâu của dịch vụ thẻ như tiếp nhận, xử lý thông tin khách hàng, cài đặt chương trình, hạch toán, thu nợ sao kê, tiếp quỹ, tra soát, bồi hoàn,…. Trong số những trường hợp rủi ro về nghiệp vụ, một số được khắc phục sớm, thu hồi được tiền, không gây tổn thất về vật chất nhưng nhìn chung đa sồ đều gây tổn thất,
ảnh hưởng rất lớn đến uy tín và niềm tin của khách hàng đối với ngân hàng. Một số trường hợp thống kê sau minh họa cho các vụ việc liên quan đến rủi ro do lỗi tác nghiệp của nhân viên ngân hàng.
Trường hợp cụ thể đầu tiên, ngày 24-28/1/2005, việc rút tiền tại máy ATM của ngân hàng Techcombank đặt tại sân bay Nội Bài đã xảy ra sự cố. Nhiều khách hàng đặt lệnh rút 50.000 nhưng được nhận tờ 100.000 đồng. Chị
Trần Thị Thanh Thủy (nhân viên Xí nghiệp thương mại mặt đất Nội Bài, Tổng công ty hàng không Việt Nam) cũng làm thử 10 giao dịch kiểu này,
được trả thừa 500.000 đồng. Techcombank sau đó giải thích nguyên nhân là do nhân viên thủ quỹđã nạp nhầm tiền 100.000 vào khay loại 50.000 đồng.
Trường hợp thứ hai xảy ra với sinh viên Nguyễn Việt Dũng, khoa Toán -Tin, Trường ĐHBK Hà Nội. Ngày 30/10/2006 vừa rồi khi Dũng ra máy ATM của Ngân hàng Ngoại thương tại Hà Nội nhận tiền của gia đình gửi ra từ TP Vinh, Nghệ An. Dũng rút được 6 triệu đồng và phát hiện thấy số dư
trong tài khoản lên tới con số khổng lồ 48,5 tỉ đồng. Thấy số tiền quá nhiều, Dũng gọi điện về hỏi gia đình, ông Hùng (bố của Dũng) ngạc nhiên vì ông chỉ
gửi có 4 triệu, trong tài khoản trước đó số dư chỉ còn 56.000 đồng. Ông Hùng bảo con đến máy ATM khác để thử lại xem có phải máy trục trặc không và khi đến máy khác Dũng vẫn tiếp tục rút thêm được 1 triệu đồng nữa. Chiều hôm đó, có hai nhân viên Ngân hàng Ngoại thương Vinh đến ki-ốt bán hàng của ông Hùng ở chợ Vinh (Nghệ An) xin lại 3 triệu đồng vì cho rằng đã nhập lộn số tiền vào máy. Ông Hùng đã đồng ý đưa 3 triệu đồng cho 2 người này.
Trường hợp thứ ba, ngày 24/12/2006, một số khách hàng sử dụng thẻ
ATM do ngân hàng Quốc tế (VIB Bank) phát hành đã thực hiện rút tiền vượt quá số dư cho phép. Có khoảng vài chục khách hàng đã rút vượt quá số tiền trong tài khoản, rất nhiều người đã rút hơn mười triệu đồng dù trong tài khoản chỉ có gấn một triệu đồng, thậm chí tài khoản hết tiền. Về sự cố này, VIB Bank sau đó cho biết là xuất phát từ lỗi của cán bộ phát triển ngân hàng khi tham số và cài đặt sản phẩm thấu chi nhầm cho một số khách hàng sử dụng
thẻ. VIB Bank chưa triển khai dịch vụ thấu chi tài khoản nhưng nhân viên của ngân hàng đã thao tác nhầm dịch vụ này cho một số khách hàng nên đã xảy ra sự cố.