Tín dụng là một trong những hoạt động chính yếu nhất của VPBank, mang lại mức lợi nhuận cao song đồng thời cũng chứa đựng nhiều rủi ro hơn so với các hoạt động khác của ngân hàng. Vì vậy, cơ cấu tổ chức hoạt động tín dụng đòi hỏi phải đảm bảo tính thống nhất trong mối quan hệ ràng buộc kiểm soát lẫn nhau, thông tin được tập trung đầy đủ, chính xác và kịp thời. Nguyên tắc hoạt động tín dụng phải đảm bảo sự cân nhắc thận trọng song song với sự linh hoạt, không làm ảnh hưởng tới mối quan hệ với các khách hàng.
Bắt đầu từ năm 2002, hoạt động tín dụng tại VPBank đã có chuyển biến mạnh mẽ về chất lượng do việc xét duyệt cho vay được thực hiện theo cơ chế 3 cấp: Nhân viên tín dụng – Phòng phục vụ khách hàng – Ban tín dụng hoặc Hội đồng tín dụng tùy theo quy mô cho vay. Bộ phận thẩm định tài sản đảm bảo được tách độc lập hoàn toàn với phòng tín dụng, nhờ vậy hạn chế tối đa rủi ro tín dụng.
Trước đây, VPBank có 3 cấp cho vay là: Hội sở chính, chi nhánh cấp I và chi nhánh cấp II. Tuy nhiên kể từ ngày 04/01/2005, chi nhánh cấp I Hà nội ra đời trên cơ sở tách ra từ bộ phận trực tiếp kinh doanh của Hội sở, do đó Hội sở chính không còn chức năng cho vay nữa mà tập trung hoạt động tín dụng về các chi nhánh. Dựa trên mô hình của chi nhánh Hà Nội, có thể khái quát cơ cấu tổ chức hoạt động tín dụng của VPBank như sau: Hội đồng tín dụng, Ban
Tín dụng, Phòng phục vụ khách hàng cá nhân, Phòng phục vụ khách hàng doanh nghiệp, Phòng thẩm định tài sản đảm bảo, Phòng thu hồi nợ.