Đạo Cao Đài trong quá trình tồn tại và phát triển có mối quan hệ với chính trị khá sâu sắc và chặt chẽ. Trước và sau khi đạo Cao Đài ra đời, tình hình chính trị ở Việt Nam nói chung và ở Nam Bộ nói riêng nổi lên các xu hướng khác nhau. Có hai xu hướng chính: xu hướng cải lương, dân chủ tư sản mà đại biểu là Đảng Lập hiến (1925) của Bùi Quang Chiêu, Hội Phục Việt (1925) của nhóm Phan Bội Châu và xu hướng cách mạng yêu nước, ảnh hưởng của Cách mạng tháng Mười Nga với các đại biểu là tổ chức Việt Nam thanh niên cách mạng đồng chí hội, Công hội đỏ, ba đảng cánh mạng theo xu hướng cộng sản và phong trào Xô viết Nghệ Tĩnh.
Tình hình chính trị đó tác động đến đạo Cao Đài khá mạnh mẽ và cũng phân hóa những người lãnh đạo đạo Cao Đài thành hai xu hướng chính: theo cách mạng chống đế quốc thực dân và theo thế lực phản cách mạng, đế quốc.
Xu hướng theo cách mạng yêu nước chống đế quốc của những người trong đạo Cao Đài tiêu biểu là Tòa thánh Minh Chơn đạo Hậu Giang, do Ngọc Chưởng Pháp Trần Đạo Quang lập năm 1932 (đặt ở Ngọc Sắc, Minh Hải).
Năm 1933 thành lập cơ quan Trung ương ở Giồng Bớm, các thánh thất chăm lo việc đạo, việc đời cho tín đồ, luôn đề cao đoàn kết nội bộ và đoàn kết với các tôn giáo khác.
Tháng 4 - 1933 Đại hội cộng đồng giáo lý các tôn giáo (Cao Đài, Phật giáo, Thiên chúa giáo) tại thánh thất Ngọc Phước, do Trần Đạo Quang và Cao Triều Phát làm chủ tọa danh dự và chủ tịch đã nhất trí các mục tiêu đoàn kết, tu hành chân chính, cứu khổ chúng sinh.
Năm 1939 thành lập "Đoàn thanh niên đạo đức" do Cao Triều Phát làm tổng trưởng với mục tiêu giáo dục thanh niên Cao Đài đạo đức, thương đạo, yêu nước.
Năm 1945, đạo Hữu và chức sắc của phái Cao Đài Minh Chơn Đạo tham gia khởi nghĩa cướp chính quyền ở nhiều nơi. Nhiều chức sắc của đạo tham gia chính quyền đoàn thể cấp tỉnh, huyện, trong đó có Cao Triều Phát tham gia ủy ban giải phóng dân tộc tỉnh Bạc Liêu, vào Mặt trận Việt Minh tỉnh và đến tháng 1 năm 1946 là đại biểu Quốc hội tỉnh Bạc Liêu. Một số thanh niên trong đoàn thanh niên đạo đức thành lập đội du kích và gia nhập Quân đội nhân dân Việt Nam.
Cuối năm 1947, Đại hội 12 hệ phái Cao Đài ở Đồng Tháp Mười đã thành lập ra "Cao Đài cứu quốc". Cao Đài cứu quốc vừa hướng dẫn việc tu hành, vừa động viên tín đồ, chức sắc tham gia vào các cơ quan chính quyền và quân đội cách mạng. Đến năm 1954 theo tinh thần Hiệp định Giơ-ne-vơ, tổ chức Cao Đài cứu quốc giải thể. Một số chức sắc Cao Đài tập kết ra Bắc, các chi phái trở về tu hành riêng rẽ.
Thời kỳ chống Mỹ - Ngụy, tháng 4 năm 1955 tại Tòa thánh Minh Chơn Đạo, Cao Đài với 5 Tòa thánh (Minh Chơn Đạo - Cà Mau, Cao Thượng Bửu tòa Bạc Liêu, Chiếu Minh Long - Cần Thơ, Thiên Châu Minh - Bến Tre, Bạch Y Liên đoàn - Rạch Giá) đã họp để thành lập Liên giao I nhằm giúp nhau tu hành chống Mỹ - Ngụy đàn áp khủng bố.
Ngày 11- 11- 1927 tại thánh thất tây Cần Thơ 18 hệ phái Cao Đài họp để ra đời Liên giao II. Trong đó bao gồm Liên giao I, Ban chỉnh đạo đô thành và nhiều phái từ Đà Nẵng trở về Cà Mau.
Liên giao II có chung tiếng nói: bảo vệ đạo pháp, chống bắt lính, chống lợi dụng đạo, chống khủng bố người yêu nước, chống chiến tranh đòi hòa bình...
Liên giao II đã tổ chức nhiều buổi cầu nguyện hòa bình khắp các thánh thất và tham gia vào sự nghiệp chống Mỹ cứu nước cho đến ngày miền Nam giải phóng, Tổ quốc thống nhất.
Tham gia tích cực vào sự nghiệp giải phóng dân tộc do Đảng cộng sản lãnh đạo, các hệ phái tiêu biểu là Tòa thánh Minh Chơn Đạo - những nhà lãnh đạo và đông đảo tín đồ đạo Cao Đài đã góp phần to lớn vào sự nghiệp chung của dân tộc, công lao đó đã được Đảng và Nhà nước ghi nhận. Trong đó cụ Cao Triều Phát, Chủ tịch Cao Đài 12 phái hợp nhất, cố vấn ủy ban kháng chiến hành chính Nam Bộ, đại biểu Quốc hội của nước Việt Nam dân chủ cộng hòa (khóa I) đã được Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh (số 32/ SL ngày 25/9/1949) thưởng Huân chương Độc lập hạng nhì. Sự đóng góp ấy của đạo Cao Đài luôn được xem là những trang tươi đẹp, rạng rỡ trong lịch sử phát triển của đạo.
Tuy nhiên, bên cạnh xu hướng cách mạng, xu hướng chống cộng của đạo Cao Đài cũng khá đậm sắc.
Ngay từ khi mới thành lập, thực dân Pháp đã tìm cách nắm và sử dụng đạo Cao Đài. Trước hết đạo Cao Đài là sản phẩm của địa chủ và tư sản.
Giai cấp tư sản Việt Nam ra đời muộn, lại bị thực dân Pháp chèn ép nên có xu hướng đi vào con đường cơ hội, cải lương, thỏa hiệp. Tuy vậy một bộ phận của giai cấp tư sản (tiêu biểu ở Nam Bộ) ôm ấp tham vọng giành quyền lãnh đạo chính trị ở Việt Nam để xây dựng một chế độ chính trị theo kiểu quân chủ lập hiến. Mưu đồ thì lớn nhưng không có khả năng tập hợp lực lượng quần chúng. Một bộ phận tư sản ở Nam Bộ đã liên kết với địa chủ, tiểu tư sản, công chức thành lập đạo Cao Đài, với tổ chức này, họ đầu cơ chính trị, lợi dụng sự bế tắc của nhân dân Nam Bộ trong cuộc đấu tranh yêu nước để quy tụ lực lượng hòng thực hiện ý đồ trên. Vì vậy đạo Cao Đài là sản phẩm của giai cấp địa chủ, tư sản Nam Bộ trên con đường mưu giành quyền lãnh đạo chính trị trong những năm 20 của thế kỷ này, còn tôn giáo chỉ là cái vỏ bên ngoài. Trong các hệ phái của đạo Cao Đài thì Cao Đài Tây Ninh có ưu thế hơn cả vì có trung tâm Tòa thánh được coi là đạo gốc, là hệ phái lớn nhất có tín đồ đông đảo nhất. Vì thế Cao Đài Tây Ninh trở thành đối tượng quan tâm hàng đầu của thực dân Pháp. Ngày 15-2-1932 Thượng viện Pháp biểu quyết đạo luật công nhận đạo Cao Đài. Tư tưởng phục Pháp và hy vọng ở Pháp trong một số chức sắc Cao Đài là
khá rõ khi họ tuyên bố: Nước Pháp có đủ đức tính thiêng liêng dạy dỗ các sắc tộc dân tộc lạc hậu trở thành cơ sở đại đồng thế giới.
Với mưu đồ trên, những người thành lập đạo Cao Đài đã ngày càng đi sâu vào hoạt động chính trị, xây dựng cả bộ máy hành chính đạo từ trung ương đến cơ sở, xây dựng cả quân đội có bộ tham mưu, tác chiến hẳn hoi, để khi có thời cơ thì chuyển thành bộ máy nhà nước, phỏng theo kiểu tổ chức chính quyền của chế độ quân chủ lập hiến. Họ đưa vào đạo màu sắc dân chủ tư sản như: "Tam quyền phân lập", "Dân chủ tập trung", "Lưỡng phái bình đẳng"... để lôi cuốn thu hút quần chúng và chuẩn bị chờ dịp giành chính quyền thống trị, đưa Cao Đài thành "quốc đạo". Phạm Công Tắc đã khẳng định: "Có phải chúng ta theo chủ nghĩa Cao Đài không? nếu đúng như thế chủ nghĩa Cao Đài muốn tồn tại phải lập ra quân đội... như thế quân đội phải do chính trị điều khiển vì chúng ta làm chính trị [7, 31]. ông còn nói rõ thêm là: "Vậy chúng ta phải đem nhà vua để lập quyền cho dân quyền là chính sách của đạo Cao Đài, giúp quân chủ nhân quyền... chúng ta sẽ hướng ra quân chủ nhân quyền để tạo tương lai cho quốc vận" [7, 41].
Công bằng mà nói khi mới ra đời, tín đồ Cao Đài là yêu nước, chống Mỹ. Nhưng số chức sắc cao cấp bị Pháp mua chuộc, khống chế và lợi dụng ngay từ đầu nên đã lái tôn giáo Cao Đài chống lại cuộc vận động cách mạng của Đảng ta, đưa quần chúng từ chỗ yêu nước sang chỗ sợ trời. Từ chỗ lừa bịp quần chúng bằng luận điệu chống Pháp đến chỗ công khai nói đền ơn trả nghĩa cho Pháp vì "Pháp đã cho Cao Đài thành lập". Phạm Công Tắc nói với tín đồ rằng: "Nước Pháp và Việt Nam không phải là thù hận nhau vì chúng ta nhận thấy đã 80 năm đồng chịu khổ não, đồng chịu nhọc nhằn khai hóa [54], và phải xây dựng Việt Nam độc lập trong Liên hiệp Pháp" [18, 14]. Cao Đài là sản phẩm như bọn thực dân mong muốn, vì thế nên Cu-lê đã viết: "Cao Đài là linh hồn Pháp - Việt" đề huề mà chúng ta đã đào tạo 60 năm nay [16, 222].
Khởi thủy đạo Cao Đài là một công cụ chính trị, tuyên truyền của Pháp và bất kỳ lúc nào mà Pháp mạnh thì vẫn thế. Nhưng bọn thực dân Pháp không tính hết khả năng của lịch sử, không đoán trước được mọi sự của ngày mai. Khi mà quần
chúng vào đạo đông thì sớm hay muộn, nhiều hay ít các chức sắc của đạo bắt buộc phải bàn đến những vấn đề xã hội, đạo Cao Đài trở thành lực lượng quan trọng và bắt đầu làm chính trị trực tiếp. Đạo phát triển nhanh ở Nam Bộ, có ý đồ phát triển thành quốc đạo, và có xu hướng chống Pháp - Điều này đã làm cho thực dân Pháp hoảng sợ, nên chúng khống chế, mua chuộc những người cầm đầu đạo Cao Đài, trong số đó cũng không ít là thành phần cơ hội chính trị. Từ đó những người cầm đầu đạo Cao Đài đã trở thành tay sai cho thực dân Pháp, thực hiện âm mưu thống trị của chúng. Vì vậy những người cầm đầu đã dùng giáo lý thần quyền mê hoặc, đánh lạc hướng đấu tranh của quần chúng. Họ đã đưa hàng ngàn thanh niên sang Pháp xung vào quân đội làm bia đỡ đạn cho Pháp trong chiến tranh thế giới thứ hai với luận điệu "trả ơn cho Pháp triều đã cho phép đạo được thành lập". Khi Pháp mạnh thì người ta theo Pháp, khi Pháp sắp thua thì người ta trở cờ, đó cũng là lẽ thường, một tổ chức có thể phục vụ cho đế quốc này thì cũng có thể chạy theo lời hứa hẹn của một đế quốc khác. Bởi vậy khi Pháp đầu hàng, phát xít Nhật vào xâm lược Đông Dương và Việt Nam, những người cầm đầu đạo Cao Đài đã bí mật gặp Nhật để nhận làm tay sai. Khi Pháp biết được sự phản bội này đã bắt Phạm Công Tắc và 5 chức sắc cao cấp của đạo Cao Đài đày sang đảo Madagascar và đồng thời khủng bố đạo. Tổng tư lệnh Trần Quang Vinh thay thế quyền lúc đó trực tiếp gặp một số tên đại diện của chính phủ Nhật là Kimura và Muchisuki để ký hợp tác nhận làm tay sai. Hai bên đã ký kết thỏa thuận cùng có lợi. Vinh hứa giúp Nhật đảo chính Pháp, cụ thể Vinh tập hợp hơn 3.000 thanh niên tín đồ từ các tỉnh về làm việc cho hãng National ở Sài Gòn. Thực chất ban ngày đóng tàu chỉ là trá hình, ban đêm chúng tập luyện quân sự, phóng điệp, trinh thám, phục kích. Sau đó lực lượng này được thành lập như một quân đội và góp phần đắc lực cho Nhật đảo chính Pháp. Sau đó Nhật còn cho Cao Đài thành lập quân đội riêng, có bộ tham mưu hẳn hoi. Đến đây thì bộ mặt cơ hội của những người cơ hội cầm đầu Cao Đài đã lộ rõ dần. Cách mạng tháng Tám thành công, buộc quân đội Cao Đài phải đi theo cách mạng, nhưng thực chất họ ra rừng để lấn chiếm vùng giải phóng của ta, và những người cầm đầu vẫn tuyên bố dù quân đội Cao Đài gia nhập Việt Minh, nhưng Cao Đài vẫn là Cao Đài, Việt Minh vẫn là Việt Minh.
Khi Pháp trở lại xâm lược lần thứ hai (1946) Trần Quang Vinh đầu hàng Pháp, Vinh ra lệnh cho quân đội Cao Đài bỏ Việt Minh về hợp tác với Pháp, nhân dịp này Minh đưa ra yêu cầu:
- Xin nhà cầm quyền Pháp trả Tòa thánh cho đạo và mở các thánh thất bị cấm hoạt động trước đây.
- Trả tự do cho Phạm Công Tắc và 5 vị chức sắc bị đày, và nhiều chức sắc khác bị giam cầm.
Ngày 21 tháng 8 năm 1946, Phạm Công Tắc được trả tự do về Sài Gòn và cùng ký tên nhận làm tay sai cho Pháp. Kéo lực lượng vũ trang từ ngoài rừng do tướng Nguyễn Văn Thành chỉ huy về vùng địch nhận súng ống và dụng cụ chiến tranh do Pháp trang bị với lập trường thân Pháp, chống cộng. Vì vậy trong cuộc kháng chiến 9 năm của nhân dân ta, quân đội Cao Đài đã cùng giặc Pháp đưa quân càn quét, đóng đồn bót, gom tín đồ lập các "chu vi đạo" thực hiện kế hoạch đánh phá, gây tổn thất không ít cho cách mạng. Tính chất chính trị, cơ hội của những người cầm đầu Cao Đài giờ càng thể hiện rõ hơn và được tô đậm với tính chất chống cộng triệt để. Họ đã thật sự phản lại dân tộc, chống phá cách mạng, hết làm tay sai cho Pháp lại làm tay sai cho Nhật và rồi lại trở lại làm tay sai cho Pháp khi Pháp quay lại. Bộ mặt tráo trở, cơ hội của họ đã không chịu thức tỉnh mà trái lại bản chất đó lại xuyên suốt quá trình lịch sử nước nhà. Đó là khi Pháp thua buộc phải ký hiệp định Giơ-ne-vơ và rút quân về nước, đế quốc Mỹ nhảy vào đưa Ngô Đình Diệm vào thành lập chính quyền tay sai cho thực dân kiểu mới ở Việt Nam. Lúc này nội bộ tôn giáo Cao Đài phân hóa thành hai phe, thân Mỹ và thân Pháp, dẫn đến ẩu đả thanh trừng nhau. Phe thân Pháp do Phạm Công Tắc làm chỉ huy cấu kết với Bình Xuyên - Hòa Hảo thành lập Mặt trận thống nhất toàn lực quốc gia, nhưng bị Diệm đàn áp, phe này tan rã, Phạm Công Tắc và một số tay chân chạy sang Nam Vang (Campuchia) cư trú chính trị vào cuối năm 1955 và chết ở đó vào giữa năm 1959. Mỹ - Diệm đưa Cao Hoài Sang, Lê Thiện Phước, Phạm Tấn Đãi là chức sắc cao cấp về nắm quyền tôn giáo Cao Đài. Trong quá trình làm tay sai, những người cầm đầu đạo càng bộc lộ rõ bản chất phản động, họ dùng "cơ bút" để loại bỏ chức sắc, chức
vị tiến bộ, họ gom nhân dân vào các vùng thánh thất, thành lập các chu vi đạo, buộc nhập môn... Riêng Tòa thánh Tây Ninh còn là nơi chứa hàng ngàn thanh niên vào trốn lính, khi cao điểm lên đến 20.000 người. Thực chất đây là cái rọ chứa để đưa thanh niên xung vào quân đội Ngụy.
Năm 1965 những người cầm đầu đạo Cao Đài cho ra đời cái gọi là "Ban thế đạo" bất kỳ ngụy quân, ngụy quyền, tư sản, trí thức... nếu có trình độ học vấn theo quy định thì sẽ được phong "Hiền tài" (tương đương với lễ sanh) bỏ qua các bước bên dưới. Đây là một cửa hợp pháp cho bọn tình báo, cảnh sát, ngụy quyền chui sâu leo nhanh vào đạo. Đến năm 1975 có gần 2000 tên vào Ban thế đạo, điển hình như: Lê Thiện Phước là chức sắc cao cấp làm trưởng Ban thế đạo, là một tình báo CIA, Nguyễn Văn Nhã cựu tỉnh trưởng Tây Ninh leo lên thượng chánh phối sư lúc 40 tuổi, Nguyễn Tấn Ngưu thiếu tá cảnh sát đặc biệt Tây Ninh... cũng cho ta thấy thực chất của tổ chức này. Từ đó biến Tòa thánh Tây Ninh thành nơi ẩn nấp của bọn tình báo hoạt động nhằm thực hiện kế hoạch lâu dài của ngụy. Những chức sắc cao cấp của đạo Cao Đài cũng được Mỹ - Ngụy sử dụng làm tình báo như Phạm Duy Nhung (Sĩ Tãi), Trương Văn Quảng (đại tá Cao Đài) làm tay sai mật vụ cho Trần Kim Tuyến và Cao Xuân Vỹ. Lễ Sanh Giang Thành Phước và Bùi Văn Côn - giáo viên là tình báo của Cục an ninh quân đội Ngụy...
Trong suốt hai cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ, trong khi nhân dân ta đổ biết bao nhiêu xương máu, mồ hôi để làm cuộc kháng