Hiện nay đã có 25 PFIs tham gia dự án tài chính nông thôn, số lượng khoản vay ngày càng lớn, trải rộng trên khắp 60 tỉnh thành (trừ nội thành 4 thành phố Hà Nội, Hải Phòng, Đà nẵng, Hồ Chí Minh). Do đó có nhiều tiểu dự án cần phải thẩm định, kiểm tra và giám sát mà số lượng cán bộ hoạt động bộ phận ít mà phải làm một khối lượng công việc lớn cho nên hiệu quả công việc không được như dự định.
Bên cạnh đó năng lực thể chế cho các định chế tài chính còn nhiều hạn chế. Điều này được thể hiện ở khả năng hỗ trợ các định chế tài chính trong việc xây dựng các thể chế tài chính. Hiện nay công tác đào tạo và tập huấn nâng cao trình độ nghiệp vụ cho các cán bộn của PFIs do chính họ thực hiện vì thế đôi khi không mang lại kết quả như mong muốn. Mặt khác cũng do bản thân sở giao dịch III cũng chưa định dạng được các kỹ thuật nghiệp vụ cần thiết nên chưa có hướng đào tạo chuyên sâu để tạo ra đội ngũ cán bộ có chuyên môn cao rồi từ đó đào tạo cho các PFIs/ MFI.
Hiện nay việc đào tạo cho nhân viên tuy đã được trú trọng hơn nhưng kinh phí dành cho việc đào tạo thì còn thấp. Sở giao dịch III là 640.000 USD, Ngân hàng nông nghiệp là 123.300 USD, các định chế trung bình khoảng 100.000 USD. Kinh phí đào tạo được thực hiện một lần không được vay quay vòng, thời gian đào tạo chỉ thực hiện trong quá trình triển khai dự án là 3 năm vì thế việc đào tạo không theo kịp tốc độ phát triển nhanh chóng của thị trường. Điều này có thể dẫn đến làm giảm chất lượng tín dụng làm ảnh hưởng đến quá trình triển khai dự án.