Sau 4 năm kể từ ngày thành lập, hệ thống NHCSXH đã đạt tổng nguồn vốn 24.976 tỷ đồng, tăng trưởng đều đặn qua các năm. Tổng nguồn vốn năm 2003: 10.525 tỷ đồng; năm 2004: 15.529 tỷ đồng; năm 2005: 20.219 tỷ đồng và năm 2006 là 24.976 tỷ đồng.
Nguồn: Ngân hàng chính sách xã hội Việt Nam
- Cơ cấu vốn năm 2006 thể hiện:
- Vốn từ NSNN: 7.793 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 31.2% tổng nguồn vốn, trong đó vốn điều lệ 4.788 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 19% tổng nguồn vốn; vốn nhận từ các chương trình: Cho vay giải quyết việc làm, cho vay trả chậm nhà ở 3.005 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 12% tổng nguồn vốn.
- Vốn đi vay: 1.684 tỷ đồng, chiếm 6,8% tổng nguồn vốn, trong đó vay NHNN 1.492 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 6% tổng nguồn vốn; vay nước ngoài 192 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 0,8% tổng nguồn vốn.
- Vốn huy động: 14.182 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 56,8% tổng nguồn vốn, trong đó huy động trên thị trường tự do 8.242 tỷ đồng, chiếm 33% tổng
nguồn vốn; nhận tiền gửi 2% của các tổ chức tín dụng 5.940 tỷ đồng, chiếm 23,8% tổng nguồn vốn.
- Vốn nhận tài trợ, uỷ thác đầu tư: 1.157 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 5% tổng nguồn vốn.
- Vốn khác: 160 tỷ đồng, chiếm tỷ trọng 1% tổng nguồn vốn.
Từ khi thành lập kể từ Quyết định 131/2002/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, với nguồn vốn năm đầu tiên (2003) 10.525 tỷ đồng, đến năm 2006, tổng nguồn vốn đã tăng lên 24.976 tỷ, điều này cho thấy NHCSXH đã khẳng định được uy tín của mình trên thị trường. Cơ cấu nguồn vốn cho thấy, mặc dù NSNN có nhiều khó khăn, còn phải cấp vốn cho các NHTMNN để đảm bảo lộ trình cơ cấu lại, nhưng NSNN vẫn cấp lượng vốn đáng kể cho NHCSXH. Do đặc thù của NHCSXH hoạt động chính là cho vay theo mục tiêu chính sách, lãi suất cho vay thường thấp hơn lãi suất cho vay của các NHTM, hoạt động phi lợi nhuận nên vốn huy động phải có lãi suất thấp, điều này là một thách thức cho NH trong hoạt động tạo vốn.
Trên thực tế, nguồn vốn huy động của NHCSXH vẫn chiếm tỷ trọng lớn hơn vốn cấp từ NSNN, trong đó vốn huy động trên thị trường tự do chiếm tỷ trọng khá cao, còn lại là nhận tiền gửi 2% của các tổ chức tín dụng, tuy nhiên nguồn này về lâu dài sẽ bị hạn chế do việc yêu cầu các NHTM phải chuyển nguồn sang cho NHCSXH sẽ ảnh hưởng đến chế độ hạch toán của các NHTM. Về huy động tiết kiệm, NHCSXH phải huy động tiết kiệm với mặt bằng chung của các NHTM khác trên địa bàn. Qui mô huy động phụ thuộc vào mạng lưới quầy, lãi suất, và dịch vụ khác đi kèm. Địa bàn cho vay chủ yếu ở vùng khó khăn, đói nghèo, trong khi muốn huy động được tiết kiệm nhiều, NHCSXH phải phát triển mạng lưới ở đô thị. Mở rộng mạng lưới sẽ làm gia tăng chi phí. Hơn nữa, là ngân hàng chuyên doanh, NHCSXH không thể cung cấp nhiều dịch vụ tiện ích như NHTM. Những yếu tố trên cho thấy
khó khăn của NHCSXH trong việc huy động và tăng trưởng nguồn huy động tiết kiệm.
Nguồn vốn nhận tài trợ, uỷ thác đầu tư chiếm tỷ trọng 5% tổng nguồn vốn, nguồn tài trợ này gồm tài trợ của các chính phủ và tổ chức tài chính quốc tế cho Chính phủ Việt Nam phù hợp với mục tiêu của NHCSXH: Một số nguồn được tài trợ của Chính phủ các nước và các tổ chức quốc tế cho chương trình xoá đói giảm nghèo, cải thiện môi trường, trồng rừng...phù hợp với cương lĩnh hoạt động của NH. Tuy nhiên nguồn loại này thường hay bị phân tán cho các tổ chức chính trị xã hội khác.
Các nguồn vốn khác chiếm tỷ trọng 1% tổng nguồn vốn, gồm đóng góp của các tổ chức và cá nhân từ thiện và các nguồn khác. Rất nhiều tổ chức và cá nhân muốn hỗ trợ người nghèo. Thông qua NHCSXH, số tiền hỗ trợ được quay vòng nhiều lần và có hiệu quả. Tuy nhiên qui mô nguồn này không lớn.