Mục tiêu tổng quát và lâu dài của CNH - HĐH NNNT là xây dựng một nền nông nghiệp và kinh tế nông thôn có cơ sở vật chất kỹ thuật hiện đại, CCKT hợp lý, quan hệ sản xuất tiến bộ và phù hợp để tăng năng suất lao động và ngày càng nâng cao chất lượng sản phẩm, giải quyết việc làm, xóa đói giảm nghèo, nhanh chóng nâng cao thu nhập và đời sống cư dân nông thôn, đưa nông thôn nước ta tiến lên văn minh hiện đại, nâng cao vị thế của nông sản nước ta trên thị trường Thế giới.
Những năm đầu của thế kỷ 21, CNH - HĐH NNNT nước ta hướng vào những mục tiêu sau đây:
4. Tăng cường đầu tư phát triển cơ khí phục vụ các ngành sản xuất nông lâm nghiệp, chế biến nông lâm sản, tiểu thủ công nghiệp và các ngành nghề nông thôn. Trước mắt thực hiện cơ giới hóa nhanh các khâu của sản xuất nông nghiệp đòi hỏi cường độ lao động cao, yêu cầu chất lượng sản phẩm cao và thời vụ căng thẳng mà lao động thủ công không đáp ứng được như làm đất, bơm nước, vận chuyển, tách hạt, thu hoạch, sấy... Tỷ lệ cơ giới hóa chung toàn ngành năm 2005 đạt 40-45% khối lượng công việc, năm 2010 đạt khoảng 60%, năm 2020: 80%. Hiện đại hóa hệ thống thiết bị, công nghiệp chế biến, bảo quản, giảm mức độ hao hụt nông sản sau thu hoạch xuống tới mức tối thiểu, nâng tỷ trọng giá trị sản lượng nông sản chế biến công nghiệp so với tổng giá trị nông sản lên 50% vào năm 2005, 60% vào năm 2010, 70% vào năm 2020.
5. Đổi mới cơ bản công nghệ lạc hậu, hiện đại hóa trong một số lĩnh vực trọng điểm để có bước tiếp cận trình độ chung của khu vực và Thế giới. Tỷ lệ đổi mới công nghệ hàng năm 10-12%.
6. Đời sống vật chất và văn hóa của nhân dân nông thôn được cải thiện cơ bản, thu nhập bình quân của nông dân tăng lên trên 3 lần so với năm 1990 (vào năm 2010), không còn hộ cực nghèo, thực hiện “trung nông hóa” đời sống nông
dân. Hạ tầng cơ sở nông thôn được đảm bảo một cách cơ bản, nhất là hệ thống giao thông: 100% xã có đường ôtô đến trung tâm, 100% số xã có điện và điện thoại, 100% số xã có trường học, 100% số hộ có nước sạch để dùng, 90% số hộ có nhà ở tốt. Từ nay đến năm 2010 giải quyết việc làm cho trên 10 triệu lao động nông thôn.
7. Phát huy cao lợi thế so sánh và hiệu quả kinh tế, nâng cao chất lượng nông sản, hướng mạnh ra thị trường xuất khẩu, đảm bảo tốc độ tăng trưởng bền vững (bình quân thời kỳ 2000-2005: 10-11%/năm; 2005-2010: 11-12%/năm; 2010- 2020: 13%/năm). CCKT nông thôn năm 2020: nông nghiệp 40% (trồng trọt 20%; chăn nuôi 20%), công nghiệp và tiểu thủ công nghiệp: 30%, dịch vụ 30%. Thu nhập bình quân đầu người khu vực nông thôn 500-600 USD/năm (năm 2010) và 1400 USD/năm vào năm 2020. Kim ngạch xuất khẩu nông sản tới năm 2005 đạt 5-6 tỷ USD, năm 2010 đạt 8-8,5 tỷ USD và đến năm 2020 đạt 20 tỷ USD. (Phụ lục 9)