NHNT có tư cách pháp nhân kể từ khi có Pháp lệnh ngân hàng - hợp tác xã tín dụng - công ty tài chính. Trong quá trình phát triển, NHNT luôn ở vị trí đứng đầu về hiệu quả kinh doanh và uy tín trên trường quốc tế so với các ngân hàng khác. Cho đến năm 1998, NHNT mới định hình và hoàn chỉnh hoạt động kiểm tra, KTNB và ban hành quy chế hoạt động cho bộ máy này.
Nhằm thực hiện Quyết định 03/1998/QĐ-NHNN3 ngày 03/01/1998, NHNT ban hành Quyết định số 103/QĐ-HĐQT-NHNT ngày 10/7/1998 về Quy chế tổ chức và hoạt động kiểm tra KTNB của NHNT. Quy chế này quy định về mô hình tổ chức; chức năng nhiệm vụ của kiểm tra kiểm toán; quyền
hạn, trách nhiệm của kiểm tra kiểm toán; phương thức kiểm tra. Theo quy chế này, mô hình tổ chức của Bộ máy kiểm tra gồm: Phòng kiểm tra KTNB tại trụ sở chính; Phòng kiểm tra KTNB (hoặc Tổ) ở các chi nhánh.
Quy chế này được thiết kế khá chặt chẽ về hình thức, nội dung; quy định mô hình tổ chức, chức năng nhiệm vụ, tiêu chuẩn của bộ máy. Tuy nhiên không rõ mối quan hệ trong hệ thống. Do số lượng chi nhánh của NHNT ít, nên bộ máy kiểm tra KTNB được xây dựng với mô hình nhỏ, nhưng không đáp ứng được yêu cầu cơ bản của hoạt động kiểm tra, kiểm toán là tính độc lập, khách quan và chuyên nghiệp, cho nên không có khả năng phát huy vai trò của của hệ thống kiểm tra KTNB trong hoạt động của NHNT.
Cũng như NHCT, Phòng kiểm tra KTNB tại chi nhánh chịu sự chỉ đạo của Giám đốc chi nhánh theo cơ chế phân cấp ủy quyền, nên công tác kiểm tra thiếu tính độc lập, khách quan. Thực tế cho thấy hoạt động kiểm tra KTNB vẫn còn tham gia trực tiếp vào các hoạt động kinh doanh của Chi nhánh, như tham gia kiểm kê tài sản, ký kiểm soát báo cáo cân đối kế toán... Bên cạnh đó, có nhiều Giám đốc chi nhánh coi nhẹ hoạt động KTKSNB, bố trí những cán bộ thiếu năng lực làm công tác kiểm tra, không trang bị đầy đủ phương tiện, kỹ thuật làm việc tiên tiến cho kiểm tra KTNB, cho nên hoạt động kiểm tra, kiểm soát không có tính chuyên nghiệp. Tất cả dẫn đến việc kiểm tra mang nặng tính hình thức, không có tác dụng thúc đẩy hiệu quả hoạt động kinh doanh của NHNT.
Trước thực trạng trên, đòi hỏi phải đổi mới tổ chức và hoạt động của kiểm tra KTNB theo hướng độc lập tương đối với các bộ phận nghiệp vụ và chi nhánh, nhằm nâng cao tính khách quan và hiệu quả hoạt động, góp phần nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của hệ thống NHNT Việt Nam. Sau khi có Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật các tổ chức tín dụng năm 2004, Quyết định số 36/NHNN và Quyết định số 37/NHNN ngày 01/08/2006,
để phù hợp với các quy định của pháp luật, ngày 13/02/2007, Hội đồng quản trị NHNT đã ban hành quy chế KTNB và quy trình KTNB; ngày 02/07/2007, ban hành Quyết định số 162/QĐ-NHNT.HĐQT về quy chế kiểm tra, kiểm soát nội bộ NHNT.
Quy chế này đã quy định cụ thể về tổ chức, hoạt động của hệ thống kiểm tra, kiểm soát nội bộ (theo quy định tại Quyết định 36/NHNN); quy định tổ chức và hoạt động của bộ máy kiểm tra nội bộ chuyên trách được tổ chức thành hệ thống, chịu sự điều hành trực tiếp của Tổng giám đốc NHNT Việt Nam. Trong đó, có một số quy định cụ thể:
- Hệ thống kiểm tra, kiểm soát nội bộ: là tập hợp các cơ chế, chính sách, quy trình, quy định nội bộ, cơ cấu tổ chức của NHNT, được thiết lập trên cơ sở phù hợp với quy định pháp luật hiện hành và được tổ chức thực hiện, nhằm đảm bảo phòng ngừa, phát hiện, xử lý kịp thời các rủi ro và đạt được các mục tiêu mà NHNT đã đặt ra.
- Bộ máy kiểm tra nội bộ chuyên trách: là một bộ phận cấu thành của hệ thống kiểm tra, kiểm soát nội bộ; hoạt động chuyên trách, độc lập với các bộ phận nghiệp vụ; có trách nhiệm kiểm tra, giám sát việc tuân thủ quy định của pháp luật và các quy chế, quy trình nghiệp vụ, quy định nội bộ của NHNT; giúp Tổng giám đốc thực hiện việc tự kiểm tra để tổng hợp, rà soát, đánh giá tính hiệu lực và hiệu quả của hệ thống kiểm tra, kiểm soát nội bộ nhằm phát hiện, ngăn ngừa và kịp thời kiến nghị xử lý những tồn tại, sai phạm trong mọi hoạt động nghiệp vụ, đảm bảo NHNT hoạt động an toàn, hiệu quả, đúng pháp luật.
- Cơ cấu tổ chức của bộ máy kiểm tra nội bộ chuyên trách: Được tổ chức thống nhất từ Hội sở chính đến các chi nhánh NHNT, gồm:
+ Phòng kiểm tra nội bộ tại các chi nhánh. Đối với các đơn vị sự nghiệp và Văn phòng đại diện thì không nhất thiết phải có phòng kiểm tra nội bộ chuyên trách.
Một bước tiến mới so với quy chế cũ là: Bộ máy kiểm tra nội bộ chuyên trách từ Hội sở chính đến chi nhánh đều được đặt dưới sự điều hành trực tiếp của Tổng giám đốc, nên Bộ máy kiểm tra nội bộ được độc lập hơn, đảm bảo các đánh giá, kết luận, kiến nghị được khách quan hơn.
Sau khi hoạt động theo Quy chế mới, Bộ máy kiểm tra kiểm soát nội bộ NHNT từng bước đi vào ổn định hơn, tiếp cận và nắm diễn biến hoạt động kinh doanh, cảnh báo và tham mưu đề xuất các biện pháp phòng ngừa rủi ro cho Ban lãnh đạo. Đặc biệt là sau khi cổ phần hóa (tháng 4/2008), NHNT vẫn duy trì mô hình tổ chức kiểm tra kiểm soát nội bộ và KTNB như hiện tại. Tuy nhiên, mô hình tổ chức này cũng có những bất cập là:
- Bộ máy kiểm tra đặt dưới sự điều hành trực tiếp của Tổng giám đốc, trong khi lại kiểm tra chính hoạt động của Ban điều hành, nên vẫn không đảm bảo tính độc lập, khách quan.
- Tình trạng địa phương hoá ở các Phòng kiểm tra tại Chi nhánh rất lớn; mặc dù bộ máy kiểm tra trực thuộc Tổng giám đốc, nhưng Phòng kiểm tra nội bộ vẫn đặt tại Chi nhánh, chịu sự chi phối của Giám đốc chi nhánh trong quá trình hoạt động.
- Không có chiến lược đào tạo và phát triển nguồn nhân lực cho Bộ máy kiểm tra kiểm toán. Do đó, trình độ cán bộ kiểm tra còn nhiều bất cập nên khả năng kiểm tra, phát hiện kịp thời các sai sót rất hạn chế, không theo kịp tốc độ phát triển công nghệ mới trong ngành Ngân hàng.
- Việc thành lập Bộ máy kiểm tra nội bộ chuyên trách để kiểm soát nội bộ trực thuộc Tổng giám đốc đã vô tình tạo ra “hai bộ máy” kiểm soát trong NHNT, vì theo quy định của Luật các TCTD, TCTD phải có Ban kiểm soát
(do điều lệ TCTD quy định, không trái Luật các TCTD). Theo quy định tại Điều lệ tổ chức và hoạt động NHNT (Điều 61,62), Ban kiểm soát có vai trò độc lập với Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc, do Đại hội cổ đông bầu ra, thay mặt các cổ đông để kiểm soát một cách độc lập, khách quan và trung thực mọi hoạt động kinh doanh, quản trị và điều hành NHCT, chịu trách nhiệm trước Đại hội đồng cổ đông trong thực hiện nhiệm vụ được giao. Trong khi đó, Ban kiểm soát cũng được quy định nhiệm vụ kiểm soát rủi ro trong hoạt động của NHNT. Theo cơ chế của NHNT thì Bộ phận kiểm toán nội bộ lại trực thuộc Ban kiểm soát. Cho nên, có sự chồng chéo về vai trò, chức năng nhiệm vụ của kiểm tra kiểm soát nội bộ và KTNB.