- Tốc độ tăng trưởng nguồn vốn huy động thấp hơn tốc độ tăng trưởng dư nợ: nguồn vốn tăng bình quân 22,8%, dư nợ tăng bình quân 33,95%.
- Dư nợ cho vay hỗ trợ lãi suất chiếm tỉ lệ thấp (21,1%) trong tổng dư nợ.
- Tài chính năm 2009 tiếp tục gặp nhiều khó khăn do chịu ảnh hưởng từ việc lãi suất cơ bản liên tục giảm từ cuối năm 2008 nên chi nhánh phải giảm nhanh lãi suất cho vay, chịu rủi ro lãi suất, chấp nhận lỗ để chia sẻ với các doanh nghiệp và hộ nông dân. Một số chi nhánh chất lượng tín dụng chưa tốt do đầu tư cho các dự án về phương tiện vận tải thuỷ từ những năm trước dẫn đến quá hạn, khả năng thu nợ gốc, nợ lãi khó khăn.
- Doanh số chi trả kiều hối và mua bán ngoại tệ, kinh doanh vàng bạc giảm lớn so với năm 2008; tình hình căng thẳng về ngoại tệ chưa được cải thiện nên không đáp ứng được đầy đủ nhu cầu thanh toán của các doanh nghiệp. Nguyên nhân do suy thoái kinh tế toàn cầu đã ảnh hưởng lớn đến việc làm và thu nhập của bộ phận lao động nước ngoài; do sự chênh lệch tỷ giá rất lớn giữa thị trường chính thức và thị trường tự do mà Nhà nước không kiểm soát được nên khách hàng không bán ngoại tệ cho ngân hàng; do số doanh nghiệp có hoạt động xuất, nhập khẩu quan hệ vay vốn, thanh toán tại NHNo hạn chế.
- Một số dịch vụ triển khai chưa có kết quả hoặc có nhưng kết quả chưa cao, như: dịch vụ thu học phí cho học sinh, sinh viên, dịch vụ bảo an tín dụng.
- Chất lượng tín dụng có xu hướng giảm thấp (nợ xấu gia tăng) do các khoản cho vay đầu tư phương tiện vận tải thuỷ đến hạn gốc và lãi khách hàng gặp khó khăn
không trả nợ. Kết quả thu nợ đã XLRR đạt thấp, chủ yếu do dư nợ cho vay các phương tiện vận tải thuỷ quá hạn khó thu hồi, tiến độ xử lí một số khoản vay có tài sản đảm bảo còn chậm.