Thứ nhất, trong thực tiễn áp dụng pháp luật hình sự và pháp luật tố tụng hình sự vẫn còn có một số trường hợp miễn trách nhiệm hình sự không đúng pháp luật, không có căn cứ pháp lý dẫn đến để lọt tội phạm và người phạm tội. Cụ thể, việc đánh giá tính chất và mức độ nguy hiểm cho người phạm tội chưa đầy đủ và chính xác. Có người rõ ràng là phạm tội, phạm tội có các tình tiết tăng nặng định khung hình phạt hoặc phạm tội nghiêm trọng, có mức hình phạt cao hoặc người phạm tội đã có tiền án, tiền sự, phạm tội nhiều lần, có đồng phạm, tái phạm, đã bị xử lý hành chính... đáng lẽ phải bị truy cứu trách nhiệm hình sự nhưng lại được đình chỉ miễn trách nhiệm hình sự dẫn đến tình trạng lọt tội phạm và người phạm tội, hoặc một số trường hợp miễn trách nhiệm hình sự cho người phạm tội gây ra hậu quả nghiêm trọng, hoặc nhầm lẫn giữa trường hợp có tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự với miễn trách nhiệm hình sự...
Thứ hai, cũng trong thực tiễn áp dụng pháp luật hình sự và pháp luật tố tụng hình sự, cơ quan và người có thẩm quyền đã coi và áp dụng một số trường hợp sau cũng là những trường hợp miễn trách nhiệm hình sự như: Miễn trách nhiệm hình sự đối với người phạm tội trong khi có năng lực trách nhiệm hình sự, nhưng trước khi bị kết án đã mắc bệnh tới mức mất khả năng nhận thức hoặc khả năng điều khiển hành vi của mình, thì sau khi áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh, thấy không cần thiết truy cứu trách nhiệm hình sự; miễn trách nhiệm hình sự do hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự; miễn trách nhiệm hình sự đối với một số trường hợp
người phạm tội ít nghiêm trọng, có nhiều tình tiết giảm nhẹ, tự nguyện khắc phục hậu quả và gia đình hoặc người bị hại có đơn xin bãi nại, người phạm tội là người già hoặc đang bị bệnh nặng...
Thứ ba, về thẩm quyền và căn cứ đình chỉ vụ án cho thấy qua số án, số bị can do Viện kiểm sát và cơ quan Điều tra các tỉnh, thành phố đình chỉ hầu hết đều có căn cứ và đúng pháp luật, nhưng còn một số ít các Viện kiểm sát tỉnh, thành phố do không nhận thức đúng các quy định của pháp luật nên đã vận dụng các quy định của pháp luật tố tụng hình sự, Nghị quyết 32 của Quốc hội để đình chỉ không tội và đình chỉ miễn trách nhiệm hình sự đối với vụ án, bị can; nhầm lẫn giữa hai điều luật quy định về miễn trách nhiệm hình sự và điều luật quy định về những căn cứ không được khởi tố vụ án hình sự và ngược lại nhiều vụ lẽ ra vận dụng căn cứ không được khởi tố vụ án hình sự và xử lý theo pháp luật hành chính, nhưng vẫn khởi tố vụ án hình sự, sau đó đình chỉ vụ án miễn trách nhiệm hình sự với bị can là gò ép, dập khuôn và cứng nhắc...