Công tác kiểm tra, kiểm soát nội bộ chưa hiệu quả. Nguyên nhân một phần do hạn chế về trình độ chuyên môn của cán bộ làm công tác kiểm tra, kiểm soát nội bộ.
Khách hàng doanh nghiệp của ngân hàng bao gồm doanh nghiệp nhà nước và doanh nghiệp ngoài quốc doanh. Khách hàng doanh nghiệp Nhà nước chủ yếu mà ngân hàng cho vay là ngành thủy sản và điện nước. Tuy các doanh nghiệp này có quy mô lớn nhưng hiệu quả hoạt động kinh doanh không cao như các doanh nghiệp ngoài quốc doanh nên có rủi ro cao. Khu vực kinh tế ngoài quốc doanh là khu vực phát triển năng động trong nền kinh tế thị trường và đang có xu hướng phát triển đáng kể. Tuy mức độ rủi ro của từng bộ phận cá biệt trong khu vực kinh tế ngoài quốc doanh có thể cao, nhưng do mỗi đối tượng nhỏ và tính hệ thống thấp cho nên xét về tổng thể rủi ro được phân tán và khả năng xảy ra rủi ro ở quy mô thấp.
Một trong những yếu tố cực kỳ quan trọng quyết định sự thành bại trong hoạt động kinh doanh đó là yếu tố con người. Cán bộ tín dụng của Chi nhánh có khoảng 95% trình độđại học, đa số còn trẻ chưa có nhiều kinh nghiệm. Có những ngành nghề kinh doanh của khách hàng, cán bộ tín dụng chưa thật sự am hiểu. Do đó, khó khăn trong vấn đề xác định tính khả thi về phương án kinh doanh của khách hàng cũng như càng không thể tư vấn cho khách hàng để hoạt động kinh doanh hiệu quả hơn.
Công tác kiểm tra quá trình sử dụng vốn vay của khách hàng chưa đảm bảo còn mang tính sơ sài, thiếu tính nghiệp vụ và chưa đánh giá được khả năng thu hồi của những khoản vay.