Việc thu phí bảo lãnh vẫn còn thực hiện cứng nhắc, ngân hàng vẫn thực hiện thu phí tối thiểu 1,5% năm cho mọi khách hàng được bảo lãnh. Như vậy có thể nói chính sách khách hàng đã không được thực hiện tốt. Ngân hàng cần phải thay đổi quy định thu phí đối với khách hàng vì việc thu phí bảo lãnh có sự phân biệt giữa các khách hàng là rất quan trọng, nó cho thấy chính sách ưu đãi của ngân hàng với khách hàng từ đó thu hút được nhiều khách hàng tốt về với ngân hàng.
Quy trình bảo lãnh và giải toả bảo lãnh còn rườm rà phức tạp, hiện nay chưa có văn bản nào quy định cụ thể về việc giải toả bảo lãnh vì vậy trong trường hợp ngân hàng tiến hành giải toả chậm chạp sẽ gây khó khăn thiệt hại cho khách hàng trong qúa trình sản xuất kinh doanh, làm mất đi cơ hội kinh doanh của khách hàng.
Kết quả thẩm định dự án là một yếu tố quan trọng quyết định đến việc ngân hàng có tiến hành bảo lãnh hay không. Tuy nhiên công tác thẩm định dự án còn chưa được thực hiện chặt chẽ và tuân thủ đúng nguyên tắc của quá trình thẩm định. Phần lớn các dự án chưa được thẩm định rõ ràng cụ thể về các chỉ tiêu hiệu quả trước khi đưa ra quyết định bảo lãnh. Đôi khi việc thẩm định chỉ dựa vào cảm tính, vào mối quan hệ lâu năm chứ không thực sự dựa vào những
vấn đề mấu chốt, bản chất của dự án. Vì vậy kết quả thẩm định đem lại thường phiến diện, độ chính xác không cao.
Ngoài ra ngân hàng đôi khi còn tính toán không chính xác thời hạn bảo lãnh gây khó khăn cho khách hàng trong việc thực hiện đúng cam kết với bên đối tác. Việc ngân hàng đưa ra thời gian bảo lãnh ngắn hơn so với thời gian cần thiết để thực hiện hợp đồng hay không phù hợp với vòng quay, luân chuyển vốn của doanh nghiệp đã khiến cho họ không thể thực hiện được nghĩa vụ của mình. Từ đó gây rủi ro cho các bên và ngân hàng sẽ buộc phải đúng ra trả thay cho khách hàng của mình.