Quá trình chuyển đổi, sắp xếp lại các DNNN với việc chuyển giao quyền kiểm soát cho các nhà đầu tư thuộc các thành phần khác sẽ giúp cho doanh nghiệp hướng vào các mục tiêu mang tính thương mại, đồng thời cơ quan quản lý nhà nước
sẽ ngừng thực hiện chức năng thương mại mà tập trung vào quản lý một cách hữu hiệu các ngành.
3.1.3. Phân quyền cụ thể về đại diện sở hữu và quản lý
Trong tổ hợp công ty mẹ-công ty con, HĐQT của công ty mẹ là đại diện trực tiếp chủ sở hữu tại công ty mẹ, là đại diện chủ sở hữu đối các công ty con do công ty mẹ đầu tư toàn bộ vốn điều lệ, và là cổ đông, thành viên góp vốn đối với các công ty con, công ty liên kết.
Như vậy, trong thời gian trước mắt, khi có sự tồn tại của các công ty mẹ cấp 2 (là công ty nhà nước) trong cơ cấu công ty mẹ cấp 1 (được chuyển đổi từ các Tổng công ty nhà nước), sẽ nảy sinh các vấn đề pháp lý cần phải giải quyết: đó là HĐQT của công ty mẹ cấp 2 sẽ đóng vai trò gì? HĐQT của công ty mẹ cấp 2 có thể là đại diện trực tiếp chủ sở hữu tại công ty mẹ cấp 2 hay không khi mà HĐQT của công ty mẹ cấp 1 đã là cơ quan đại diện của chủ sở hữu.
Theo đó, tại các công ty mẹ cấp 2( các thành viên độc lập của Tổng công ty chuyển đổi sang mô hình công ty mẹ-con) sẽ không nên có HĐQT mà chỉ nên hình thành một Hội Đồng Giám Đốc (HĐGĐ) gồm giám đốc của công ty mẹ cấp 2 và giám đốc các công ty con, công ty liên kết.
Vấn đề của các Tổng công ty hiện nay là, người đại diện trực tiếp ( hay các Tổng giám đốc) luôn có nhiều thông tin hơn người đại diện chủ sở hữu, tại các TCT, DNNN thường có nhiều “người đại diện chủ sở hữu” như các bộ ngành quản lý hay chính quyền điạ phương. Các chủ sở hữu này lại không có thẩm quyền, năng lực, động lực để giám sát các DNNN.
Hiện nay, cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của HĐQT và TGĐ trong các TCT chưa được phân định cụ thể. Trên nguyên tắc, chủ sở hữu DNNN là Chính phủ, các Bộ và UBND các cấp, HĐQT là người thay mặt nhà nước. Tuy nhiên các Bộ không thể hiện vai trò chủ sở hữu thật sự
Theo Luật doanh nghiệp nhà nước thì Nhà nước giao vốn và tài sản cho Hội đồng quản trị, nhưng lại quy định Chủ tịch hội đồng quản trị và Tổng giám đốc cùng ký nhận vốn nên trách nhiệm không rõ ràng. Có nơi, TGĐ thiếu phối hợp với HĐQT, có nơi Chủ tịch HĐQT “lấn sân” công việc điều hành của TGĐ.
Cần phân định rõ quyền sở hữu và quyền quản lý cũng như chức năng nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của Hội đồng quản trị và Tổng giám đốc. Hội đồng quản trị là đại diện trực tiếp chủ sở hữu của TCT. Tổng giám đốc được quyền quản lý, điều hành hoạt động của TCT có sự giám sát và chỉ đạo của Hội đồng quản trị. Tuy nhiên, hiện nay, ở các TCT, Chủ tịch HĐQT, thành viên HĐQT hay các Tổng giám đốc đều là công chức nhà nước, đều do cấp trên bổ nhiệm. Thật ra, với mô hình hiện nay, HĐQT sẽ bàn bạc và đưa ra các chủ trương cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, với vai trò Tổng Giám đốc là thành viên của HĐQT, thì rõ ràng chỉ cần thống nhất vai trò của TGĐ và Chủ Tịch HĐQT.