Việc các tổng công ty chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty mẹ-công ty con được thực hiện bằng hai con đường cơ bản: bằng con đường phát triển tự
nhiên của các doanh nghiệp và bằng cách tổ chức lại, chuyển đổi các tổng công ty, doanh nghiệp nhà nước theo mô hình công ty mẹ-công ty con.
Cách thứ nhất : Bằng con đường phát triển tự nhiên các doanh nghiệp phát huy chính năng lực của mình (chủ yếu là năng lực tài chính). Doanh nghiệp đó là công ty mẹ nếu có năng lực tài chính và đầu tư vào các công ty con hoặc công ty liên kết. Ngược lại, doanh nghiệp hạn chế về tài chính hoặc chịu sự chi phối của công ty khác thì trở thành công ty con. Trong trường hợp doanh nghiệp không đầu tư vào công ty khác và cũng không bị công ty khác chi phối, thì vẫn là một doanh nghiệp độc lập.
Đi theo con đường thứ nhất đòi hỏi cả một quá trình, phải áp dụng cơ chế mới để các tổng công ty hoặc doanh nghiệp nhà nước tự có vốn, tích luỹ vốn, đem vốn đi liên doanh, góp vốn hoặc sở hữu cổ phần đủ mức chi phối ở doanh nghiệp khác, tự mình lớn mạnh thành các công ty mẹ. Những cơ chế cho con đường này về cơ bản đã được sửa đổi, bổ sung và đưa vào Luật DNNN năm 2003.
Cách thứ hai là dùng quyền của chủ sở hữu Nhà nước để tổ chức lại các tổng công ty. Bằng cách này có thể chuyển nhanh hơn tổng công ty sang mô hình công ty mẹ và các công ty con. Tuy nhiên, việc chủ động tổ chức lại hoặc chuyển đổi tổng công ty chỉ trong những điều kiện nhất định, trong đó đặc biệt chú trọng điều kiện đẩy mạnh cổ phần hoá, đa dạng hoá doanh nghiệp thành viên. Có nghĩa là: Càng cổ phần hoá nhiều doanh nghiệp thành viên, càng tạo ra nhiều công ty có vốn cổ phần của tổng công ty. Từ quá trình đó, tổng công ty tự khắc chuyển thành công ty mẹ nắm giữ cổ phần của mình tại các công ty thành viên được cổ phần hoá.
Hội nghị Trung ương 9 (khoá IX) chủ trương cổ phần hoá cả tổng công ty, tức là cổ phần hoá tất cả các doanh nghiệp thành viên, kể cả cổ phần hoá đối với công
ty mẹ. Chủ trương của Hội nghị Trung ương 9 (khoá IX) càng tạo thuận lợi hơn cho việc chuyển đổi tổng công ty theo mô hình công ty mẹ-công ty con.
− Chuyển đổi các doanh nghiệp thành viên thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên theo Luật Doanh nghiệp, nhằm tách bạch doanh nghiệp chuyển đổi với tổng công ty (công ty mẹ), tạo ra sự độc lập cho công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên để tự chủ hoạt động theo Luật Doanh nghiệp.
− Thúc đẩy việc liên doanh, góp vốn giữa các doanh nghiệp thành viên với các thành phần kinh tế khác để thành các công ty trách nhiệm hữu hạn từ 2 thành viên trở lên.
Tuỳ thuộc vào đối tượng được chuyển đổi mà phương thức tổ chức lại, chuyển đổi TCT, Công ty thành viên hạch toán độc lập của TCT, công ty nhà nước hạch toán độc lập theo mô hình mẹ con sẽ được thực hiện khác nhau. Cụ thể là:
− Đối với các TCT do nhà nước đầu tư và thành lập theo Luật DNNN năm 1995 hoặc Luật DNNN năm 2003 thì tuỳ thuộc vào tính chất ngành nghề, công nghệ, mối quan hệ kinh doanh, đầu tư vốn và tính chất phụ thuộc lẫn nhau giữa TCT và các doanh nghiệp thành viên sẽ tổ chức thhành công ty mẹ.
− Trường hợp các Công ty thành viên hạch toán độc lập trong TCT đủ điều kiện chuyển đổi thì tuỳ theo đặc điểm về công nghệ, tính chất phụ thuộc và mối quan hệ về đầu tư vốn với TCT, có thể tách thành CTM nhà nước độc lập, hoặc vẫn tiếp tục ở trong cơ cấu TCT nhưng phải chuyển đổi thành doanh nghiệp hoạt động theo Luật doanh nghiệp. Đối với các đơn vị sự nghiệp, viện nghiên cứu, trường thuộc TCT thường xuyên có áp dụng kết quả nghiên cứu, chuyển giao công nghệ,
có vốn lớn, đủ điều kiện để trở thành CTM thì có thể tách thành CTM độc lập hoặc trong cơ cấu TCT.
− Trường hợp các công ty nhà nước hạch toán độc lập, có quy mô lớn, đủ điều kiện cũng có thể chuyển thành CTM; còn các đơn vị phụ thuộc thì tùy quy mô và tính chất đầu tư vốn của CTM có thể chuyển thành các CTC theo hình thức phù hợp.